PDB-8hlv: Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hlv

タイトル

Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans

要素

Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1

キーワード

PHOTOSYNTHESIS (光合成) / light-harvesting complexes / siphonaxanthin / siphonein

機能・相同性

Siphonaxanthin / Siphonein /

CHLOROPHYLL B /

クロロフィルa / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-NEX

機能・相同性情報

生物種

Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.

資金援助

中国, 9件

組織	認可番号	国
Chinese Academy of Sciences	2019YFA0906300	中国
Chinese Academy of Sciences	2021YFA1300403	中国
Chinese Academy of Sciences	XDA26050402	中国
Chinese Academy of Sciences	XDB17000000	中国
Chinese Academy of Sciences	2020081	中国
Chinese Academy of Sciences	JCTD-2020-06	中国
Chinese Academy of Sciences	YSBR-004	中国
Chinese Academy of Sciences	31970260	中国
Chinese Academy of Sciences	32222007	中国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural and functional properties of different types of siphonous LHCII trimers from an intertidal green alga Bryopsis corticulans.
著者: Zhenhua Li / Cuicui Zhou / Songhao Zhao / Jinyang Zhang / Xueyang Liu / Min Sang / Xiaochun Qin / Yanyan Yang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /

要旨: Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the ...

履歴

登録	2022年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hlv.cif.gz	255.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hlv.ent.gz	202.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34883MC 34930C 8hpdC 8hq8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (2) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1

B: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1

C: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1

ヘテロ分子

128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1 分子量: 26696.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)

-
非ポリマー , 6種, 57分子

#2: 化合物	ChemComp-0UR / Siphonein 分子量: 781.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₂H₇₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-0IE / Siphonaxanthin / シホナキサンチン分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN 分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b 分子量: 907.472 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₀MgN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa 分子量: 893.489 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol 分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
緩衝液	pH: 7.8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 614955 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.008	8643
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.848	12199
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	18.777	2996
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.056	927
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1537

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関連情報:EMDBヘッダ

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