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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hbf | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human soluble guanylate cyclase in the NO+Rio state at 3.1 angstrom | ||||||||||||
要素 | (Guanylate cyclase soluble subunit ...) x 2 | ||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / soluble guanylate cyclase (可溶性グアニル酸シクラーゼ) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / guanylate cyclase complex, soluble / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / presynaptic active zone cytoplasmic component / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase ...retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / guanylate cyclase complex, soluble / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / presynaptic active zone cytoplasmic component / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / relaxation of vascular associated smooth muscle / adenylate cyclase activity / 循環器 / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / cGMP-mediated signaling / GABA-ergic synapse / cellular response to nitric oxide / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / nitric oxide mediated signal transduction / Hsp90 protein binding / 血圧 / signaling receptor activity / glutamatergic synapse / heme binding / protein-containing complex binding / GTP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Liu, R. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nitric Oxide / 年: 2023 タイトル: NO binds to the distal site of haem in the fully activated soluble guanylate cyclase. 著者: Rui Liu / Yunlu Kang / Lei Chen / 要旨: Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary receptor for nitric oxide (NO). The binding of NO to the haem of sGC induces a large conformational change in the enzyme and activates its cyclase ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary receptor for nitric oxide (NO). The binding of NO to the haem of sGC induces a large conformational change in the enzyme and activates its cyclase activity. However, whether NO binds to the proximal site or the distal site of haem in the fully activated state remains under debate. Here, we present cryo-EM maps of sGC in the NO-activated state at high resolutions, allowing the observation of the density of NO. These cryo-EM maps show the binding of NO to the distal site of haem in the NO-activated state. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hbf.cif.gz | 224.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hbf.ent.gz | 175.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hbf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34627MC 8hbeC 8hbhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Guanylate cyclase soluble subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 77566.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY1A1, GUC1A3, GUCSA3, GUCY1A3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02108, グアニル酸シクラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 70599.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY1B1, GUC1B3, GUCSB3, GUCY1B3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02153, グアニル酸シクラーゼ |
-非ポリマー , 5種, 6分子
#3: 化合物 | ChemComp-G2P / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HEM / | #6: 化合物 | ChemComp-GZO / | #7: 化合物 | ChemComp-NO / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human soluble guanylate cyclase可溶性グアニル酸シクラーゼ タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330636 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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