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- PDB-8h1i: Crystal structure of PlyGRCS, a bacteriophage Endolysin in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h1i
タイトルCrystal structure of PlyGRCS, a bacteriophage Endolysin in complex with Cold shock protein C
要素
  • Cold shock-like protein CspC
  • EndolysinLysin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / Endolysin / Bacteriophage (ファージ) / MRSA (メチシリン耐性黄色ブドウ球菌) / Enzybiotic / CspC interactor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of termination of DNA-templated transcription / transcription antitermination factor activity, RNA binding / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / protein-folding chaperone binding / 遺伝子発現の調節 / nucleic acid binding / protein homodimerization activity / RNA binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / SH3-like domain, bacterial-type / Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding ...Bacterial SH3 domain / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / SH3-like domain, bacterial-type / Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold shock-like protein CspC / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage GRCS (ファージ)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Gopinatha, K. / Mandal, M. / Saranya, G. / Sudhagar, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/002603 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PlyGRCS, a bacteriophage Endolysin in complex with Cold shock protein C
著者: Padmanabhan, B. / Gopinatha, K. / Mandal, M. / Saranya, G. / Sudhagar, B.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Cold shock-like protein CspC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1954
ポリマ－35,9602
非ポリマー2352
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.667, 55.290, 99.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endolysin / Lysin


分子量: 28549.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage GRCS (ファージ)
遺伝子: GRCS_0015 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus / 参照: UniProt: W6EBY7
#2: タンパク質 Cold shock-like protein CspC / CSP-C


分子量: 7410.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: cspC, msmB, b1823, JW1812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: P0A9Y6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM CaCl2, 35% PEGMME 5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97373 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55.29 Å / Num. obs: 16495 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.533 / Num. unique obs: 1318 / CC1/2: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CSH

4csh


解像度: 2.1→49.65 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 801 4.87 %
Rwork0.1848 --
obs0.1881 16459 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2523 0 13 224 2760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.230.31611400.23452519X-RAY DIFFRACTION97
2.23-2.40.26751260.22232551X-RAY DIFFRACTION96
2.4-2.650.2921260.22082579X-RAY DIFFRACTION97
2.65-3.030.26781460.20132571X-RAY DIFFRACTION97
3.03-3.820.25331360.15342641X-RAY DIFFRACTION98
3.82-49.650.20011270.15742797X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6348-0.4392-0.32811.8040.02561.8268-0.0447-0.0616-0.12310.08030.05520.15650.11830.0828-0.00150.11170.00720.02170.0770.00680.087531.183422.60513.8607
21.5974-0.0728-0.11660.805-0.07021.6605-0.01430.03820.07340.00050.04950.0833-0.0099-0.10150.00180.0825-0.0013-0.01440.07-0.00260.145510.454332.4302-1.4914
30.6028-0.32690.09210.1838-0.02460.0974-0.0970.5518-0.3024-0.1843-0.16780.06910.1650.0385-0.03950.29870.01270.16220.37790.02890.258130.88222.4934-17.6266
40.0972-0.0017-0.14780.3523-0.23050.38210.10710.5451-0.0253-0.2335-0.24220.02850.08620.0606-0.02250.2010.06450.01040.3269-0.0460.127128.673125.0858-12.6229
50.26440.2152-0.23350.2639-0.07230.382-0.2223-0.3592-0.571-0.1094-0.2584-0.66720.5250.4978-0.01990.35590.02750.01460.48450.02010.471734.011119.1137-14.257
60.00760.0247-0.01820.1567-0.26120.60210.0559-0.04590.00090.0435-0.1111-0.02620.57410.01870.0370.20020.02740.02520.2863-0.07040.347326.003219.1462-11.5062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 143 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 144 through 250 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 12 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 13 through 35 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 36 through 55 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 56 through 69 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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