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- PDB-8guv: LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with tolcapone (CAS: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8guv
タイトルLecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with tolcapone (CAS: 134308-13-7)
要素PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / glycomimetics / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / ペリプラズム / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tolcapone / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Kuhaudomlarp, S. / Siebs, E. / Varrot, A. / Imberty, A. / Titz, A.
資金援助 フランス, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-AAPG-2017 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0048 フランス
German Research Foundation (DFG)Ti756/5-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RA1944/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with tolcapone (CAS: 134308-13-7)
著者: Siebs, E. / Kuhaudomlarp, S. / Shanina, E. / Varrot, A. / da Silva Fiqueiredo Celestino Gomes, P. / Lerner, C. / Grether, U. / Rademacher, C. / Rognan, D. / Imberty, A. / Titz, A.
履歴
登録2022年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4407
ポリマ－25,5402
非ポリマー9005
水4,936274
1
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子

A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,88014
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,80010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)57.650, 164.626, 50.105
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-485-

HOH

31A-515-

HOH

41B-536-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 1 - 121

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 PA-I galactophilic lectin / LecA / PA-IL / Galactose-binding lectin


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LecA was produced as a recombinant protein in E. coli without methionine at position 1.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TCW / Tolcapone / (3,4-dihydroxy-5-nitrophenyl)(4-methylphenyl)methanone / Tolcapone


分子量: 273.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 24% PEG 2kMME, 0.1 M KSCN, 0.1 M sodium acetate pH 4.5 cocrystallised with tolcapone.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→42.84 Å / Num. obs: 56290 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.32-1.3411.10.4512949326610.960.1390.4724.196.4
7.23-42.88.80.05134733930.9950.020.05548.798.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKO

1oko


解像度: 1.32→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2247 / WRfactor Rwork: 0.2062 / FOM work R set: 0.8594 / SU B: 0.84 / SU ML: 0.036 / SU R Cruickshank DPI: 0.0588 / SU Rfree: 0.0602 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 2793 5 %RANDOM
Rwork0.1987 ---
obs0.1999 53479 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.8 Å2 / Biso mean: 14.934 Å2 / Biso min: 7.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å2-0 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1794 0 62 282 2138
Biso mean--23.87 25.68 -
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.6342667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4281.5793953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.062584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.00915259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.613154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02456
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3614 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.321→1.355 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 197 -
Rwork0.304 3833 -
all-4030 -
obs--97.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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