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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gis | ||||||
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タイトル | Structure of Ternary Complex of mouse cGAS with dsDNA and Bound ATP: with 10mM Mg2+ and 0.5mM Mn2+ | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / TRANSFERASE/DNA / Transferase-DNA complex / cGAS / ATP and divalent metal ion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / 傍分泌 / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / 傍分泌 / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of type I interferon production / regulation of immune response / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA修復 / 自然免疫系 / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Ternary Complex of mouse cGAS with dsDNA and Bound ATP: with 10mM Mg2+ and 0.5mM Mn2+ 著者: Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gis.cif.gz | 385.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gis.ent.gz | 309.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gis | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 147-507 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Mouse Cyclic GMP-AMP synthase catalytic domain 147-507; three extra residues at the N terminus (G from TEV site, TG from AgeI site). Flexible residues in the coordinate were deleted. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / プラスミド: nHMT mCAT WT 詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase #2: DNA鎖 | 分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: custom synthesized by IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 43分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 4-degree Celsius in cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.891 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: horizontal bounce Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.891 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→29.54 Å / Num. obs: 40447 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 225388 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.56 Å / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. measured all: 19823 / Num. unique obs: 4301 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.28 / Rrim(I) all: 0.616 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→29.54 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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