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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fv1 | |||||||||
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タイトル | SpeG spermidine N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus in complex with spermine | |||||||||
要素 | Diamine N-acetyltransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | diamine N-acetyltransferase activity / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / スペルミン / Diamine N-acetyltransferase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Tsimbalyuk, S. / Forwood, J.K. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: SpeG spermidine N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus in complex with spermine, crystal form II 著者: Tsimbalyuk, S. / Forwood, J.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fv1.cif.gz | 322.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fv1.ent.gz | 219.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5ix3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20077.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: res / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U5NVV0 #2: 化合物 | ChemComp-SPM / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.77 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH8.0, 1.6M Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→24.95 Å / Num. obs: 29846 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 77.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.13 Å / Num. unique obs: 2792 / CC1/2: 0.681 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ix3 解像度: 2.95→24.95 Å / SU ML: 0.4095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9408 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→24.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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