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- PDB-8edm: Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8edm
タイトルCryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer
要素Isoform I of Neurofibromin
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase activating protein (GTPアーゼ活性化タンパク質) / Ras signaling / Cancer (悪性腫瘍)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of cell-matrix adhesion / forebrain morphogenesis / negative regulation of neurotransmitter secretion / hair follicle maturation / regulation of blood vessel endothelial cell migration / cell communication / smooth muscle tissue development / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / camera-type eye morphogenesis / sympathetic nervous system development / myelination in peripheral nervous system / myeloid leukocyte migration / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylcholine binding / peripheral nervous system development / metanephros development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / collagen fibril organization / endothelial cell proliferation / regulation of bone resorption / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / forebrain astrocyte development / regulation of postsynapse organization / 顔料 / artery morphogenesis / negative regulation of neuroblast proliferation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of cell-matrix adhesion / spinal cord development / regulation of GTPase activity / negative regulation of MAPK cascade / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of astrocyte differentiation / neuroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of angiogenesis / Schwann cell development / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / skeletal muscle tissue development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / GTPase activator activity / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of cell migration / liver development / negative regulation of MAP kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / long-term synaptic potentiation / stem cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / brain development / negative regulation of protein kinase activity / visual learning / wound healing / cerebral cortex development / 認識 / osteoblast differentiation / positive regulation of GTPase activity / Regulation of RAS by GAPs / protein import into nucleus / positive regulation of neuron apoptotic process / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / presynapse / cellular response to heat / heart development / fibroblast proliferation / actin cytoskeleton organization / 遺伝子発現の調節 / 血管新生
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Darling, J.E. / Merk, A. / Grisshammer, R. / Ognjenovic, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Destabilizing NF1 variants act in a dominant negative manner through neurofibromin dimerization.
著者: Lucy C Young / Ruby Goldstein de Salazar / Sae-Won Han / Zi Yi Stephanie Huang / Alan Merk / Matthew Drew / Joseph Darling / Vanessa Wall / Reinhard Grisshammer / Alice Cheng / Madeline R ...著者: Lucy C Young / Ruby Goldstein de Salazar / Sae-Won Han / Zi Yi Stephanie Huang / Alan Merk / Matthew Drew / Joseph Darling / Vanessa Wall / Reinhard Grisshammer / Alice Cheng / Madeline R Allison / Matthew J Sale / Dwight V Nissley / Dominic Esposito / Jana Ognjenovic / Frank McCormick /
要旨: The majority of pathogenic mutations in the neurofibromatosis type I () gene reduce total neurofibromin protein expression through premature truncation or microdeletion, but it is less well ...The majority of pathogenic mutations in the neurofibromatosis type I () gene reduce total neurofibromin protein expression through premature truncation or microdeletion, but it is less well understood how loss-of-function missense variants drive NF1 disease. We have found that patient variants in codons 844 to 848, which correlate with a severe phenotype, cause protein instability and exert an additional dominant-negative action whereby wild-type neurofibromin also becomes destabilized through protein dimerization. We have used our neurofibromin cryogenic electron microscopy structure to predict and validate other patient variants that act through a similar mechanism. This provides a foundation for understanding genotype-phenotype correlations and has important implications for patient counseling, disease management, and therapeutics.
履歴
登録2022年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform I of Neurofibromin
B: Isoform I of Neurofibromin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)634,8222
ポリマ－634,8222
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Isoform I of Neurofibromin / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 317410.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21359

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Full-length human NF1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.320 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 200
電子銃電子線源: その他 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 9.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161208 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00229847
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48940883
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9714663
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0384970
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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