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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dr9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human ALDH2 in complex with NAD+ and PEG MME 550 | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenase, mitochondrialアルデヒドデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDH2 / aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / mitochondrial (ミトコンドリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of serotonin / nitroglycerin reductase activity / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase activity / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / nitroglycerin reductase activity / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase activity / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / NAD binding / electron transfer activity / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, S.Y. / Weng, J.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of human ALDH2 in complex with NAD+ and PEG MME 550 著者: Xu, S.Y. / Weng, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dr9.cif.gz | 232.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dr9.ent.gz | 183 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/8dr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/8dr9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2vleS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54540.621 Da / 分子数: 2 / 変異: C302S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / プラスミド: pHIS8-4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P05091, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) |
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-非ポリマー , 5種, 956分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-1PE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 % / 解説: 3D |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: protein conditions: 8 mg/ml recombinant ALDH2 in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, supplemented with 2-4% v/v DMSO well conditions: 100 mM sodium citrate, pH 5.0-5.6, 22-26% w/v ...詳細: protein conditions: 8 mg/ml recombinant ALDH2 in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, supplemented with 2-4% v/v DMSO well conditions: 100 mM sodium citrate, pH 5.0-5.6, 22-26% w/v PEG MME 550 550 hanging drops were set with a 1.5:1 protein:well ratio PH範囲: 5.0-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.984 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→49.92 Å / Num. obs: 155768 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 13.7 % / Num. unique obs: 24827 / CC1/2: 0.809 / % possible all: 99.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2VLE 解像度: 1.5→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.111 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.33 Å2 / Biso mean: 15.868 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→49.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.504→1.543 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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