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- PDB-8djt: Cytosolic ascorbate peroxidase from Sorghum bicolor - four ascorb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8djt
タイトルCytosolic ascorbate peroxidase from Sorghum bicolor - four ascorbates complex
要素L-ascorbate peroxidaseアスコルビン酸ペルオキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytosolic ascorbate peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


アスコルビン酸ペルオキシダーゼ / L-ascorbate peroxidase activity / 葉緑体 / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / ペルオキシダーゼ / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ビタミンC / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / アスコルビン酸ペルオキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Zhang, B. / Kang, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1804699 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-2043248 米国
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2023
タイトル: A sorghum ascorbate peroxidase with four binding sites has activity against ascorbate and phenylpropanoids.
著者: Zhang, B. / Lewis, J.A. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6888
ポリマ－27,2521
非ポリマー1,4367
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.296, 75.097, 82.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 L-ascorbate peroxidase / アスコルビン酸ペルオキシダーゼ


分子量: 27251.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: SORBI_3001G410200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C5WNL8, アスコルビン酸ペルオキシダーゼ
#3: 糖
ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / アスコルビン酸 / ビタミンC


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM

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非ポリマー , 4種, 352分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1 M Tris, pH 8.5 and 30 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 83614 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 7.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 529415
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.16-1.185.70.49640990.8640.2280.5470.902100
1.18-1.26.40.44841610.9060.1930.4890.962100
1.2-1.226.30.41840870.9140.180.4560.995100
1.22-1.256.30.36941230.9260.160.4030.973100
1.25-1.2860.34241750.9270.1530.3751.003100
1.28-1.316.10.2941000.9490.1280.3180.976100
1.31-1.346.50.25141430.9650.1070.2730.996100
1.34-1.386.50.22241570.9720.0940.2410.993100
1.38-1.426.40.20141410.9750.0860.2190.995100
1.42-1.466.10.17341320.980.0760.1891.007100
1.46-1.516.20.13941630.9880.0610.1520.98100
1.51-1.576.60.12141700.9920.0510.1320.993100
1.57-1.656.60.10141660.9930.0420.1090.994100
1.65-1.736.50.08941720.9940.0380.0971.048100
1.73-1.846.20.07841910.9950.0340.0851.044100
1.84-1.986.50.06942000.9960.0290.0751.028100
1.98-2.186.70.06142130.9970.0250.0661.021100
2.18-2.56.30.05842460.9970.0250.0630.976100
2.5-3.156.50.05342940.9970.0220.0580.949100
3.15-506.20.04844810.9980.0210.0520.97699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAG

1oag


解像度: 1.16→31.55 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1507 2000 2.4 %
Rwork0.1381 81439 -
obs0.1384 83439 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.67 Å2 / Biso mean: 11.565 Å2 / Biso min: 4.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→31.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 168 349 2437
Biso mean--10.5 22.36 -
残基数----250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.16-1.190.19941390.17975674581399
1.19-1.220.17841420.175657375879100
1.22-1.260.17281400.165157335873100
1.26-1.30.16891420.15857585900100
1.3-1.340.14421420.143257665908100
1.34-1.40.15981410.137257555896100
1.4-1.460.151420.136957785920100
1.46-1.540.16421430.134358135956100
1.54-1.630.14211420.123458035945100
1.63-1.760.12371430.126658295972100
1.76-1.940.15751440.129458375981100
1.94-2.220.13291430.124558726015100
2.22-2.790.14651460.133659246070100
2.79-31.550.15111510.141361606311100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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