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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dfv | ||||||||||||
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タイトル | Structural Basis of MicroRNA Biogenesis by Dicer-1 and Its Partner Protein Loqs-PB - complex IIa | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Dicer (Dicer) / Dcr-1 (Dicer) / Loquacious / Loqs-P / miRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic cell cycle, embryonic / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / germ-line stem cell division / regulatory ncRNA processing / bidentate ribonuclease III activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / pole cell formation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division ...mitotic cell cycle, embryonic / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / germ-line stem cell division / regulatory ncRNA processing / bidentate ribonuclease III activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / pole cell formation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / segment polarity determination / PKR-mediated signaling / dsRNA transport / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / RISC complex binding / pre-miRNA binding / germ-line stem cell population maintenance / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / apoptotic DNA fragmentation / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / pre-miRNA processing / ribonuclease III activity / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex / dendrite morphogenesis / response to starvation / central nervous system development / helicase activity / double-stranded RNA binding / single-stranded RNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jouravleva, K. / Golovenko, D. / Demo, G. / Dutcher, R.C. / Tanaka Hall, T.M. / Zamore, P.D. / Korostelev, A.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis of microRNA biogenesis by Dicer-1 and its partner protein Loqs-PB. 著者: Karina Jouravleva / Dmitrij Golovenko / Gabriel Demo / Robert C Dutcher / Traci M Tanaka Hall / Phillip D Zamore / Andrei A Korostelev / 要旨: In animals and plants, Dicer enzymes collaborate with double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) proteins to convert precursor-microRNAs (pre-miRNAs) into miRNA duplexes. We report six cryo-EM ...In animals and plants, Dicer enzymes collaborate with double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) proteins to convert precursor-microRNAs (pre-miRNAs) into miRNA duplexes. We report six cryo-EM structures of Drosophila Dicer-1 that show how Dicer-1 and its partner Loqs‑PB cooperate (1) before binding pre-miRNA, (2) after binding and in a catalytically competent state, (3) after nicking one arm of the pre-miRNA, and (4) following complete dicing and initial product release. Our reconstructions suggest that pre-miRNA binds a rare, open conformation of the Dicer‑1⋅Loqs‑PB heterodimer. The Dicer-1 dsRBD and three Loqs‑PB dsRBDs form a tight belt around the pre-miRNA, distorting the RNA helix to place the scissile phosphodiester bonds in the RNase III active sites. Pre-miRNA cleavage shifts the dsRBDs and partially closes Dicer-1, which may promote product release. Our data suggest a model for how the Dicer‑1⋅Loqs‑PB complex affects a complete cycle of pre-miRNA recognition, stepwise endonuclease cleavage, and product release. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dfv.cif.gz | 534.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dfv.ent.gz | 341.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8dfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8dfv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 27415MC 8dg5C 8dg7C 8dgaC 8dgiC 8dgjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 255733.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Dcr-1, CG4792 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q9VCU9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 19102.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 50149.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG6866 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9VJY9 | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding pre-miRNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
由来(組換発現) | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: HEPES-KOH / 式: HEPES-KOH |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 65.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2023692 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149443 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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