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- PDB-8d6k: Sco GlgEI-V279S in complex with cyclohexyl carbasugar -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d6k
タイトルSco GlgEI-V279S in complex with cyclohexyl carbasugar
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / complex with GlgE
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / oligosaccharide catabolic process / hexosyltransferase activity / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能
: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-RT6 / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Jayasinghe, T.J. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Chem / 年: 2022
タイトル: Synthesis of C 7 /C 8 -cyclitols and C 7 N-aminocyclitols from maltose and X-ray crystal structure of Streptomyces coelicolor GlgEI V279S in a complex with an amylostatin GXG-like derivative.
著者: Thanvi, R. / Jayasinghe, T.D. / Kapil, S. / Obadawo, B.S. / Ronning, D.R. / Sucheck, S.J.
履歴
登録2022年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,7345
ポリマ－152,7892
非ポリマー9453
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area51250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.438, 112.438, 310.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...
21(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB15 - 2415 - 24
12VALVALVALVAL(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB2626
13PROPROALAALA(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB28 - 24428 - 244
14GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB246 - 324246 - 324
15SERSERALAALA(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB326 - 467326 - 467
16TYRTYRTHRTHR(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB469 - 557469 - 557
17LEULEUGLYGLY(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB559 - 652559 - 652
18THRTHRARGARG(chain A and (resid 15 through 24 or resid 26...AB654 - 663654 - 663
21PROPROLEULEU(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA15 - 2415 - 24
22VALVALVALVAL(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA2626
23PROPROALAALA(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA28 - 24428 - 244
24GLYGLYGLNGLN(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA246 - 324246 - 324
25SERSERSERSER(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA326326
26LEULEULEULEU(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA559559
27LEULEUGLYGLY(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA559 - 652559 - 652
28THRTHRARGARG(chain B and (resid 15 through 24 or resid 26...BA654 - 663654 - 663

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1


分子量: 76394.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-RT6 / (1R,4S,5S,6R)-4-(cyclohexylamino)-5,6-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl alpha-D-glucopyranoside


分子量: 419.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H33NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium citrate pH 7.0 and 10 % W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→49.4 Å / Num. obs: 51908 / % possible obs: 96.28 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 1.1
反射 シェル解像度: 2.73→2.828 Å / Num. unique obs: 5263 / CC1/2: 0.455

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U31

4u31


解像度: 2.73→49.4 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1800 3.47 %
Rwork0.1909 50108 -
obs0.1932 51908 96.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.06 Å2 / Biso mean: 58.1058 Å2 / Biso min: 27.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.73→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10276 0 65 249 10590
Biso mean--72.12 52.28 -
残基数----1297
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3914X-RAY DIFFRACTION2.887TORSIONAL
12B3914X-RAY DIFFRACTION2.887TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.73-2.80.37891400.311439104050100
2.8-2.890.37291420.282839364078100
2.89-2.980.33941400.270739124052100
2.98-3.090.33431420.248239234065100
3.09-3.210.35141420.240939654107100
3.21-3.360.2841410.227739344075100
3.36-3.530.31031420.226739574099100
3.53-3.750.30281430.20243958410199
3.75-4.040.27431400.17223923406399
4.04-4.450.22261340.15373703383792
4.45-5.090.18041260.14323509363587
5.09-6.410.21051330.16293700383391
6.42-49.40.20621350.16143778391387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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