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万見
- PDB-8cub: Crystal Structure of ABCG5/G8 in Complex with Cholesterol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cub
タイトルCrystal Structure of ABCG5/G8 in Complex with Cholesterol
要素
  • ATP-binding cassette sub-family G member 5
  • ATP-binding cassette sub-family G member 8
キーワードTRANSLOCASE (輸送酵素) / ABCG5 / ABCG8 / membrane protein (膜タンパク質) / cholesterol transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of intestinal phytosterol absorption / negative regulation of intestinal cholesterol absorption / Defective ABCG8 causes GBD4 and sitosterolemia / Defective ABCG5 causes sitosterolemia / sterol transport / ABC transporters in lipid homeostasis / intestinal cholesterol absorption / cholesterol transfer activity / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う ...negative regulation of intestinal phytosterol absorption / negative regulation of intestinal cholesterol absorption / Defective ABCG8 causes GBD4 and sitosterolemia / Defective ABCG5 causes sitosterolemia / sterol transport / ABC transporters in lipid homeostasis / intestinal cholesterol absorption / cholesterol transfer activity / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / triglyceride homeostasis / response to muscle activity / bile acid signaling pathway / cholesterol efflux / response to ionizing radiation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / response to nutrient / cholesterol homeostasis / transmembrane transport / receptor complex / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities ...ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / ATP-binding cassette sub-family G member 8 / ATP-binding cassette sub-family G member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Rezaei, F. / Farhat, D. / Lee, J.Y.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN 2018-04070 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-180640 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Analysis of Cholesterol Binding and Sterol Selectivity by ABCG5/G8.
著者: Farhat, D. / Rezaei, F. / Ristovski, M. / Yang, Y. / Stancescu, A. / Dzimkova, L. / Samnani, S. / Couture, J.F. / Lee, J.Y.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ATP-binding cassette sub-family G member 5
D: ATP-binding cassette sub-family G member 8
A: ATP-binding cassette sub-family G member 5
B: ATP-binding cassette sub-family G member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,7646
ポリマ－302,9914
非ポリマー7732
水0
1
C: ATP-binding cassette sub-family G member 5
D: ATP-binding cassette sub-family G member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8823
ポリマ－151,4952
非ポリマー3871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ATP-binding cassette sub-family G member 5
B: ATP-binding cassette sub-family G member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8823
ポリマ－151,4952
非ポリマー3871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.268, 230.110, 249.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 34 through 405 or (resid 406...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 34 through 586 or (resid 587...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 28 through 42 or (resid 43...
d_2ens_2chain "D"
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLULEUC1 - 588
d_21ens_1GLULEUA1 - 588
d_11ens_2PHESERD1 - 579
d_21ens_2PHESERB1 - 579
d_11ens_3CLRCLRF
d_21ens_3CLRCLRE

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.948772711241, -0.248828870574, -0.194716551875), (-0.263762859224, 0.284464915288, 0.921688052469), (-0.173952569683, 0.92583146692, -0.335524363291)117.553333474, -2.2643403932, 36.3837277486
2given(-0.94997660803, -0.251058767439, -0.185779276261), (-0.257165167257, 0.291233345737, 0.921438665935), (-0.177230135546, 0.923121137025, -0.341228435849)117.064987973, -2.44283657531, 36.4460472874
3given(0.411387738439, -0.649577003175, 0.639382393883), (0.806738655944, 0.58596884882, 0.0762446668172), (-0.424184947479, 0.484448372025, 0.765099277986)32.7398163331, -20.8392552232, 7.80269604513

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family G member 5 / Sterolin-1


分子量: 74249.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCG5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q9H222, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
#2: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family G member 8 / Sterolin-2


分子量: 77246.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCG8 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q9H221, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8-2.0 M ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, 2-5% PEG400, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.05→30.91 Å / Num. obs: 50917 / % possible obs: 83.96 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 26.55 Å2 / CC1/2: 0.377 / CC star: 0.74 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 4.051→4.195 Å / Rmerge(I) obs: 5.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 915 / CC1/2: 0.137 / CC star: 0.491 / % possible all: 22.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7JR7

7jr7


解像度: 4.05→30.91 Å / SU ML: 0.6448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.2978
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3029 2999 5.89 %
Rwork0.2459 47918 -
obs0.2492 50917 64.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.05→30.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18442 0 56 0 18498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004718900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.930425593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05082949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00683204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.41152599
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10881542453
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20219597621
ens_3d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.826369178865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.05-4.120.2476120.2613183X-RAY DIFFRACTION5.27
4.12-4.190.3421360.2875562X-RAY DIFFRACTION16.1
4.19-4.260.34630.26651032X-RAY DIFFRACTION29.32
4.26-4.340.3466820.26941260X-RAY DIFFRACTION35.61
4.34-4.430.3157900.2591416X-RAY DIFFRACTION40.09
4.43-4.530.2876900.2611499X-RAY DIFFRACTION43.1
4.53-4.630.3371100.2581626X-RAY DIFFRACTION46.23
4.63-4.750.25621020.24811744X-RAY DIFFRACTION49.72
4.75-4.880.28681240.24291881X-RAY DIFFRACTION53.81
4.88-5.020.30681380.24882078X-RAY DIFFRACTION58.98
5.02-5.180.32831270.24532316X-RAY DIFFRACTION65.99
5.18-5.370.32551640.25582553X-RAY DIFFRACTION72.92
5.37-5.580.36031790.27822838X-RAY DIFFRACTION80.39
5.58-5.830.3311970.27973092X-RAY DIFFRACTION88.8
5.83-6.140.37812110.29173353X-RAY DIFFRACTION94.56
6.14-6.520.31881960.293384X-RAY DIFFRACTION96.55
6.52-7.020.33572270.27563433X-RAY DIFFRACTION97.47
7.02-7.710.31882160.24643429X-RAY DIFFRACTION97.93
7.71-8.80.29212040.21063423X-RAY DIFFRACTION97.19
8.8-11.010.19832110.16963406X-RAY DIFFRACTION96.63
11.01-30.910.28482200.23153410X-RAY DIFFRACTION96.75
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.7562520145 Å / Origin y: 52.6862507304 Å / Origin z: 57.0740364902 Å
111213212223313233
T-0.276075618827 Å20.123144023607 Å2-0.133221468857 Å2--0.135561150073 Å20.122908660872 Å2--0.0433360928816 Å2
L0.451740985837 °20.481166217948 °2-0.108518088531 °2-2.034378428 °2-0.655423403396 °2--1.72426291086 °2
S-0.0930079824011 Å °0.00284828514951 Å °-0.125097541634 Å °0.0497694197483 Å °0.113092048612 Å °-0.408847727094 Å °0.319534591787 Å °-0.0646873009236 Å °0.0154763912301 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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