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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cks | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Serum Albumin in complex with FESAN | ||||||
要素 | Serum albumin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Dolot, R.M. / Kaniowski, D. / Ebenryter-Olbinska, K. / Szczupak, P. / Suwara, J. / Nawrot, B.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Human Serum Albumin in complex with FESAN 著者: Kaniowski, D. / Ebenryter-Olbinska, K. / Dolot, R.M. / Suwara, J. / Szczupak, P. / Nawrot, B.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cks.cif.gz | 136.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cks.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8cks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8cks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768 |
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-非ポリマー , 7種, 156分子
#2: 化合物 | ChemComp-UZC / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % / 解説: prism |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.4 M (NH4)2SO4, 1% v/v 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→19.571 Å / Num. obs: 20485 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2481 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 0.835 / Χ2: 1.01 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.571 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 19.706 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.525 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.571 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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