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- PDB-8c5d: Glutathione transferase P1-1 from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5d
タイトルGlutathione transferase P1-1 from Mus musculus
要素Glutathione S-transferase P 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / multidrug resistance (多剤耐性) / pesticide (農薬) / enzyme inhibition (酵素阻害剤) / drug design (医薬品設計)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of neutrophil aggregation / negative regulation of peroxidase activity / Paracetamol ADME / 薬物代謝 / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / S-nitrosoglutathione binding / kinase regulator activity / response to L-ascorbic acid ...cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of neutrophil aggregation / negative regulation of peroxidase activity / Paracetamol ADME / 薬物代謝 / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / S-nitrosoglutathione binding / kinase regulator activity / response to L-ascorbic acid / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / organic cyclic compound binding / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / oligodendrocyte development / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / linoleic acid metabolic process / negative regulation of leukocyte proliferation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / toxic substance binding / response to amino acid / animal organ regeneration / glutathione metabolic process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of fibroblast proliferation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Neutrophil degranulation / xenobiotic metabolic process / response to nutrient levels / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to reactive oxygen species / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to toxic substance / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / response to ethanol / cellular response to lipopolysaccharide / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase P 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
iNEXT653706European Union
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: Inhibition Analysis and High-Resolution Crystal Structure of Mus musculus Glutathione Transferase P1-1.
著者: Kupreienko, O. / Pouliou, F. / Konstandinidis, K. / Axarli, I. / Douni, E. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P 1
B: Glutathione S-transferase P 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,78822
ポリマ－47,2702
非ポリマー1,51820
水10,845602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area17370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.617, 77.366, 101.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P 1 / Gst P1 / GST YF-YF / GST class-pi / GST-piB / Preadipocyte growth factor


分子量: 23635.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gstp1, Gstpib / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19157, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ

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非ポリマー , 6種, 622分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-GTB / S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE


分子量: 442.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % / 解説: Rectangular rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000 20% (w/v), 0.2 M calcium chloride dihydrate, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→56.62 Å / Num. obs: 114851 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.23 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique obs: 5532 / CC1/2: 0.35 / Rrim(I) all: 2.485 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.28→38.68 Å / SU ML: 0.1516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1856 1.62 %
Rwork0.1752 112889 -
obs0.1756 114745 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→38.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 88 602 3998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00573489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92444731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0688509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8003492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.310.37241390.33058482X-RAY DIFFRACTION98.26
1.31-1.350.32591410.29578565X-RAY DIFFRACTION99.32
1.35-1.40.3121400.26498556X-RAY DIFFRACTION99.66
1.4-1.450.28081420.24548637X-RAY DIFFRACTION99.77
1.45-1.50.20931430.20928632X-RAY DIFFRACTION99.91
1.5-1.570.27181420.18648675X-RAY DIFFRACTION99.82
1.57-1.660.20291420.17458633X-RAY DIFFRACTION99.8
1.66-1.760.20641430.16838659X-RAY DIFFRACTION99.83
1.76-1.90.21041420.16618697X-RAY DIFFRACTION99.9
1.9-2.090.24631430.16968714X-RAY DIFFRACTION99.73
2.09-2.390.17661440.15668736X-RAY DIFFRACTION99.83
2.39-3.010.17711460.16848807X-RAY DIFFRACTION99.62
3.01-38.680.18121490.16819096X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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