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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8azd | ||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ADPR | ||||||
要素 | Papain-like protease nsp3 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / NSP3 / Macrodomain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host gene expression / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sander, S. / Tidow, H. / Fliegert, R. / Sandmann, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in the apo form 著者: Sander, S. / Tidow, H. / Fliegert, R. / Sandmann, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8azd.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8azd.ent.gz | 61.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8azd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/8azd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/8azd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8azcC 8aziC 6wenS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19281.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: P0DTC1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.8 M K2HPO4/NaH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.35 Å / Num. obs: 26042 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 33.1 % / Biso Wilson estimate: 27.71 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2553 / CC1/2: 0.915 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WEN 解像度: 2→48.35 Å / SU ML: 0.2816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4867 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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