PDB-8ajw: Crystal structure of the Q65N mutant of S-adenosyl-L-homocysteine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ajw

タイトル

Crystal structure of the Q65N mutant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa cocrystallized with adenosine in the presence of K+ cations

要素

S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase

アデノシルホモシステイナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / S-adenosylmethionine cycle /

adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.819 Å

データ登録者

Drozdzal, P. / Wozniak, K. / Malecki, P. / Gawel, M. / Komorowska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Q65N mutant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa cocrystallized with adenosine in the presence of K+ cations
著者: Drozdzal, P. / Wozniak, K. / Malecki, P. / Gawel, M. / Komorowska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2022年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ajw.cif.gz	712.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ajw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ajw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f3mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase

BBB: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase

CCC: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase

DDD: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.503, 133.618, 100.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	AAA	A	9 - 468	12 - 471
2	2	1	ARG	ARG	BBB	B	9 - 468	12 - 471
3	3	2	TYR	TYR	AAA	A	9 - 469	12 - 472
4	4	2	TYR	TYR	CCC	C	9 - 469	12 - 472
5	5	3	TYR	TYR	AAA	A	9 - 469	12 - 472
6	6	3	TYR	TYR	DDD	D	9 - 469	12 - 472
7	7	4	ARG	ARG	BBB	B	9 - 468	12 - 471
8	8	4	ARG	ARG	CCC	C	9 - 468	12 - 471
9	9	5	ARG	ARG	BBB	B	9 - 468	12 - 471
10	10	5	ARG	ARG	DDD	D	9 - 468	12 - 471
11	11	6	TYR	TYR	CCC	C	9 - 469	12 - 472
12	12	6	TYR	TYR	DDD	D	9 - 469	12 - 472

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / アデノシルホモシステイナーゼ分子量: 51721.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / Variant (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685

#1: タンパク質

S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase /

アデノシルホモシステイナーゼ

分子量: 51721.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / Variant (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685

-
非ポリマー , 5種, 1337分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.819→79.133 Å / Num. obs: 171257 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.87 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.05
反射シェル	解像度: 1.819→1.917 Å / R_merge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 27398 / CC_1/2: 0.683 / R_rim(I) all: 0.156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F3M

6f3m

解像度: 1.819→79.133 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 6.715 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	1285	0.75 %
R_work	0.1596	169958	-
all	0.16	-	-
obs	-	171243	99.703 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.157 Å²	-0 Å²	-2.189 Å²
2-	-	2.397 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.193 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.819→79.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14224	0	279	1324	15827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	15102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.638	20528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	1.585	33186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.558	5	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.748	23.684	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.355	15	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.589	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	14073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	7418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6817
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.118	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.291	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.317	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.326	1.761	7551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.326	1.761	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.872	2.636	9474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.872	2.636	9475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.919	1.99	7551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.894	1.984	7535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.811	2.916	11036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.783	2.908	11013
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.908	35.27	67227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.771	34.449	65984
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	15611
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	15659
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	15640
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.066	0.05	15488
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.067	0.05	15452
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.067	0.05	15505

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06567	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06567	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06562	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06562	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06696	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06696	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06572	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06572	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06712	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06712	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06739	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06739	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.819-1.866	0.331	94	0.359	12376	0.358	12654	0.484	0.452	98.5459	0.354
1.866-1.917	0.343	91	0.308	12138	0.309	12299	0.645	0.688	99.4308	0.295
1.917-1.973	0.293	90	0.269	11860	0.269	12007	0.794	0.8	99.5253	0.249
1.973-2.034	0.276	87	0.243	11528	0.243	11661	0.847	0.848	99.6055	0.22
2.034-2.1	0.273	85	0.215	11224	0.216	11344	0.869	0.89	99.6915	0.191
2.1-2.174	0.22	82	0.191	10821	0.191	10935	0.9	0.918	99.7074	0.166
2.174-2.256	0.22	79	0.166	10486	0.167	10587	0.93	0.945	99.7922	0.142
2.256-2.348	0.152	76	0.145	10072	0.145	10175	0.96	0.96	99.7346	0.123
2.348-2.452	0.172	73	0.139	9635	0.139	9717	0.962	0.966	99.9074	0.118
2.452-2.572	0.171	70	0.136	9274	0.137	9346	0.962	0.969	99.9786	0.117
2.572-2.711	0.202	66	0.142	8796	0.143	8864	0.951	0.966	99.9774	0.124
2.711-2.875	0.176	63	0.143	8326	0.144	8389	0.95	0.964	100	0.13
2.875-3.073	0.214	60	0.152	7836	0.153	7896	0.941	0.96	100	0.141
3.073-3.319	0.214	55	0.154	7289	0.155	7344	0.954	0.963	100	0.147
3.319-3.635	0.163	51	0.146	6739	0.146	6790	0.968	0.974	100	0.145
3.635-4.063	0.151	46	0.133	6089	0.133	6137	0.971	0.979	99.9674	0.138
4.063-4.69	0.101	40	0.11	5377	0.11	5420	0.985	0.984	99.9446	0.124
4.69-5.739	0.182	35	0.135	4570	0.136	4605	0.972	0.978	100	0.155
5.739-8.095	0.2	26	0.17	3534	0.171	3560	0.942	0.954	100	0.194
8.095-79.133	0.295	16	0.181	1989	0.182	2023	0.852	0.941	99.1102	0.226

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.525	-0.474	0.2417	1.5348	0.1755	1.3917	-0.121	-0.2767	0.0566	0.3071	0.1565	-0.0607	-0.0088	-0.0345	-0.0355	0.2408	0.0665	-0.0645	0.0848	-0.037	0.1213	10.562	4.7727	13.5
2	0.9254	-0.3998	-0.0014	1.0363	0.0129	0.9264	-0.0063	0.0072	0.1586	-0.0547	0.0417	-0.2366	-0.0827	0.1636	-0.0354	0.1378	-0.0207	-0.024	0.035	-0.0337	0.1904	19.9451	7.4412	-12.9647
3	0.6573	-0.2592	0.0898	1.1525	0.1088	0.6958	-0.0415	-0.1081	0.0283	0.1491	0.0784	-0.1484	0.0087	0.0946	-0.0369	0.1305	0.0149	-0.0531	0.0481	-0.0267	0.1204	14.547	-0.8462	-1.5146
4	1.5812	-0.3136	-0.0486	1.7856	0.4197	1.9071	-0.0317	0.0805	0.116	-0.2416	-0.1082	0.2447	-0.2135	-0.2207	0.1399	0.2777	0.0651	-0.1258	0.0405	-0.0547	0.2264	-14.3478	30.4331	-19.2652
5	0.989	-0.0526	0.5739	1.3336	0.1785	1.3129	-0.0138	-0.0283	-0.0638	-0.0959	-0.0549	0.2554	-0.114	-0.2096	0.0687	0.1369	0.0364	-0.061	0.0451	-0.0486	0.1836	-14.0363	2.0251	-19.6343
6	0.8299	-0.0901	-0.0216	1.0922	-0.1129	1.4275	-0.0475	0.0648	0.0537	-0.2427	-0.0441	0.1611	-0.2606	-0.2339	0.0916	0.2357	0.0508	-0.1111	0.0507	-0.0452	0.194	-10.8491	15.8892	-25.6933
7	1.2392	-0.527	0.6595	1.4041	-0.0515	1.8906	0.1366	0.283	-0.1224	-0.2976	-0.1129	0.0656	0.0121	0.0813	-0.0237	0.302	0.09	-0.1267	0.1564	-0.1228	0.1927	-7.5953	-15.8308	-57.9351
8	0.992	-0.2337	0.352	1.0564	0.2382	0.7704	0.053	0.2415	0.0839	-0.3355	-0.0418	-0.0755	-0.2149	0.1732	-0.0112	0.3134	-0.0084	-0.0099	0.1052	-0.0116	0.1546	7.9646	3.0388	-43.6613
9	0.2946	-0.2429	0.2335	0.7084	0.2279	1.0958	0.0706	0.1454	-0.0195	-0.2853	-0.09	0.0452	-0.143	0.0109	0.0193	0.2724	0.051	-0.0871	0.1145	-0.0535	0.1686	-4.9235	-4.7908	-46.449
10	1.7079	-0.0574	0.2708	1.3722	0.0301	1.6839	0.0955	0.1723	-0.3951	-0.055	0.0376	-0.2941	0.2989	0.3848	-0.1331	0.2412	0.1084	-0.0377	0.2495	-0.1863	0.4205	31.7792	-28.93	-32.6256
11	1.0067	-0.0865	0.2596	1.0859	0.2331	2.1185	0.0798	-0.0468	-0.2112	0.0234	0.0195	-0.0285	0.2456	0.0746	-0.0994	0.1658	0.0179	-0.0641	0.0124	-0.0224	0.1871	7.5296	-22.2697	-19.8665
12	1.0827	0.3062	0.2886	1.3027	0.5701	0.9729	0.0985	0.0161	-0.2634	0.0671	0.0744	-0.3047	0.2157	0.2287	-0.1729	0.1888	0.0594	-0.0468	0.0874	-0.0401	0.2179	22.5573	-20.1764	-22.95

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	9 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	170 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	332 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	9 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	BBB	173 - 329
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	BBB	330 - 469
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	CCC	9 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	CCC	173 - 329
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	CCC	330 - 469
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	DDD	9 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	DDD	173 - 329
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	DDD	330 - 469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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