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- PDB-7zvs: Crystal structure of the Schistosoma mansoni VKR2 kinase domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvs
タイトルCrystal structure of the Schistosoma mansoni VKR2 kinase domain in an active-like state (ADP-bound)
要素Venus kinase receptor 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / active-like state
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase activity / protein tyrosine kinase activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Venus kinase receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Beis, K. / Mathavan, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N019113/1 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Identification of Inhibitors of the Schistosoma mansoni VKR2 Kinase Domain.
著者: Mathavan, I. / Liu, L.J. / Robinson, S.W. / El-Sakkary, N. / Elatico, A.J.J. / Gomez, D. / Nellas, R. / Owens, R.J. / Zuercher, W. / Navratilova, I. / Caffrey, C.R. / Beis, K.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Venus kinase receptor 2
B: Venus kinase receptor 2
C: Venus kinase receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2725
ポリマ－116,4173
非ポリマー8542
水0
1
A: Venus kinase receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2332
ポリマ－38,8061
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Venus kinase receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2332
ポリマ－38,8061
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Venus kinase receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8061
ポリマ－38,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.258, 97.239, 72.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Venus kinase receptor 2


分子量: 38805.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D5JEH1
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid, pH 7.0, 100mM KCl and 50mM NaF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→102.24 Å / Num. obs: 16396 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 3.06→3.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 821 / CC1/2: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OJ9

2oj9


解像度: 3.07→55.81 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 825 5.04 %
Rwork0.2173 --
obs0.2192 16385 60.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→55.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7132 0 54 0 7186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8199956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.818988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.07-3.260.431300.3467591X-RAY DIFFRACTION14
3.26-3.510.3902810.31081591X-RAY DIFFRACTION38
3.51-3.860.32781160.26432324X-RAY DIFFRACTION54
3.86-4.420.2481470.22273042X-RAY DIFFRACTION71
4.42-5.570.22472170.21163885X-RAY DIFFRACTION91
5.57-55.810.23542340.19264127X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.752-1.7187-0.09566.8855-0.16950.17050.17960.24120.31460.3154-0.21421.03520.153-0.204-0.00280.80540.0445-0.17240.63050.03120.9042-58.422653.889.3693
23.43920.2089-0.56654.1613-0.83483.06960.2113-0.08730.1834-0.1654-0.11490.4593-0.1568-0.06160.06080.40190.0754-0.00260.3105-0.06240.3259-37.706155.761316.3188
33.32590.4087-1.43452.9572-0.3382.66220.3982-0.59260.19690.3587-0.2827-0.0775-0.49070.4684-0.1460.7536-0.1166-0.03590.6389-0.05020.3391-24.107462.060922.4206
41.78431.2603-0.75822.8202-1.04921.9964-0.104-0.95180.94010.9624-0.48131.28860.0132-0.15260.01510.8113-0.09260.34340.7807-0.19450.626-45.17835.882342.2728
51.54710.03710.90832.5372-0.2482.5539-0.1767-0.19480.0359-0.0099-0.01330.1644-0.08610.03520.01180.2380.00990.07280.3649-0.06510.3928-43.627.067125.0122
62.4677-0.0344-1.1661.8412-0.95061.7973-0.02690.1515-0.38760.1819-0.26490.743-0.2825-0.7390.00270.3024-0.13790.0680.52-0.12110.469-60.4418.957222.4925
72.7901-0.851-0.08822.9791-0.3052.88460.0320.2528-0.2211-0.4537-0.25340.40470.0887-0.1710.04750.4371-0.0153-0.1560.4999-0.19910.5453-52.200813.945513.4879
82.54120.78991.19112.57111.31742.6094-0.1806-0.0729-0.4156-0.29740.04590.20250.1687-0.39060.12190.4814-0.01520.07370.5875-0.14310.5629-7.1704-10.108916.0978
92.9642-0.8272-0.16451.5090.94982.9444-0.08220.0286-0.4717-0.02540.1228-0.0898-0.07270.37160.01150.4462-0.08110.00480.37210.02560.3081-16.45612.66127.3427
103.7442-0.15851.97431.9636-0.0724.0867-0.1262-0.8126-0.6260.44790.05820.7857-0.0954-0.13180.00750.4313-0.01330.18240.50450.15040.5305-32.53812.5236.9333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 943 through 1020 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1021 through 1188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1189 through 1257 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 946 through 1018 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1019 through 1113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1114 through 1204 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1205 through 1257 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 943 through 1018 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1019 through 1145 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1146 through 1257 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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