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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zhr | ||||||
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タイトル | Complex structure of drosophila Unr CSD789 and pAbp RRM3 | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / drosophila Unr / CSD / cold-shock domain / protein complex (タンパク質複合体) / PPI / drosophila pAbp / RRM / Unr / pAbp (PCI DSS) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of compound eye photoreceptor development / male meiosis cytokinesis / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / : / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation / : / spermatid nucleus differentiation ...regulation of compound eye photoreceptor development / male meiosis cytokinesis / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / : / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation / : / spermatid nucleus differentiation / male meiotic nuclear division / oocyte development / poly(A) binding / dorsal/ventral pattern formation / poly(U) RNA binding / precatalytic spliceosome / oogenesis / catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / chemical synaptic transmission / 精子形成 / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / シナプス / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein. 著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein. 著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J. #2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein during translation regulation 著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zhr.cif.gz | 127.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zhr.ent.gz | 97.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zhr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zhhSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26166.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Unr, BcDNA:LD13080, CR32028, Dmel\CG7015, dUNR, dUnr, dunr, MRE30, UNR, unr, CG7015, Dmel_CG7015 プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSK3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9948.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: pAbp, CG5119 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21187 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium formate 0.1 M bis-tris propane 20 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.99→42.36 Å / Num. obs: 7836 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.262 % / Biso Wilson estimate: 44.16 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rrim(I) all: 0.283 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 6.61 / Num. measured all: 49067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ZHH 解像度: 2.99→42.36 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.52 Å2 / Biso mean: 40.3117 Å2 / Biso min: 26.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.99→42.36 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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