PDB-7z62: Structure of the LecA lectin from Pseudomonas aeruginosa in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z62

タイトル

Structure of the LecA lectin from Pseudomonas aeruginosa in complex with a biaryl-thiogalactoside

要素

PA-I galactophilic lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

lectin (レクチン) / antiadhesive / thiogalactoside /

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules /

carbohydrate binding /

ペリプラズム /

細胞膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Varrot, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of potent 1,1-diarylthiogalactoside glycomimetic inhibitors of Pseudomonas aeruginosa LecA with antibiofilm properties.
著者: Bruneau, A. / Gillon, E. / Furiga, A. / Brachet, E. / Alami, M. / Roques, C. / Varrot, A. / Imberty, A. / Messaoudi, S.

履歴

登録	2022年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z62.cif.gz	76.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z62.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z63C 1okoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: PA-I galactophilic lectin

BBB: PA-I galactophilic lectin

ヘテロ分子

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: PA-I galactophilic lectin

BBB: PA-I galactophilic lectin

ヘテロ分子

AAA: PA-I galactophilic lectin

BBB: PA-I galactophilic lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52.3 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.122, 57.089, 83.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-491- HOH
2	1	BBB-470- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 1 - 121

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N TERMINAL METHIONINE PROCESSED 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IEC / (2R,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-[4-[1-(4-methoxyphenyl)ethenyl]phenyl]sulfanyl-oxane-3,4,5-triol / Biaryl-thiogalactoside 分子量: 404.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 % / 解説: rod
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG3350, 150 mM KSCN, 100 mM Tris/HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→41.7 Å / Num. obs: 35361 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0042 / R_pim(I) all: 0.0021 / R_rim(I) all: 0.0047 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique obs: 1733 / CC_1/2: 0.987 / R_pim(I) all: 0.134 / R_rim(I) all: 0.297 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OKO

1oko

解像度: 1.53→41.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 1.318 / SU ML: 0.05 / Average fsc free: 0.9471 / Average fsc work: 0.9561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	1749	4.951 %
R_work	0.1656	33577	-
all	0.168	-	-
obs	-	35326	99.718 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.294 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.739 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→41.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1797	0	38	390	2225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.651	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.572	1.594	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.438	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.781	25.227	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.935	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.663	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.093	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.693	1.749	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.677	1.748	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.27	2.622	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.271	2.623	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.409	1.958	939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.408	1.959	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.417	2.869	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.416	2.869	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.748	23.05	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.538	21.869	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.109	0.05	3792

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10937	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10937	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.53-1.57	0.249	131	0.209	2406	0.211	2555	0.925	0.935	99.2955	0.194
1.57-1.613	0.278	124	0.213	2384	0.217	2525	0.92	0.935	99.3267	0.196
1.613-1.659	0.225	131	0.185	2335	0.187	2472	0.947	0.952	99.7573	0.171
1.659-1.71	0.215	118	0.178	2206	0.18	2337	0.949	0.954	99.4437	0.164
1.71-1.766	0.207	103	0.174	2206	0.176	2315	0.949	0.957	99.7408	0.165
1.766-1.828	0.207	100	0.166	2124	0.167	2230	0.952	0.96	99.7309	0.157
1.828-1.897	0.2	122	0.17	2044	0.172	2169	0.946	0.955	99.8617	0.164
1.897-1.974	0.212	86	0.167	1986	0.169	2073	0.938	0.955	99.9518	0.163
1.974-2.062	0.206	106	0.176	1893	0.177	2001	0.952	0.955	99.9	0.173
2.062-2.162	0.23	85	0.176	1830	0.178	1915	0.946	0.958	100	0.174
2.162-2.279	0.219	106	0.164	1737	0.167	1843	0.943	0.959	100	0.166
2.279-2.417	0.211	83	0.162	1637	0.165	1720	0.943	0.957	100	0.165
2.417-2.583	0.187	76	0.15	1558	0.152	1634	0.956	0.963	100	0.153
2.583-2.789	0.174	50	0.154	1474	0.154	1524	0.96	0.964	100	0.16
2.789-3.054	0.21	73	0.153	1334	0.156	1408	0.953	0.967	99.929	0.163
3.054-3.412	0.172	75	0.144	1224	0.146	1299	0.97	0.972	100	0.159
3.412-3.936	0.228	58	0.15	1085	0.153	1146	0.951	0.971	99.7382	0.169
3.936-4.809	0.163	43	0.147	948	0.148	992	0.979	0.979	99.8992	0.17
4.809-6.757	0.215	52	0.186	730	0.187	785	0.971	0.976	99.6178	0.205
6.757-41.7	0.221	27	0.241	436	0.239	481	0.954	0.947	96.2578	0.322

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関連情報:EMDBヘッダ

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