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万見
- PDB-7ytw: Structural basis of vitamin C recognition and transport by mammal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ytw
タイトルStructural basis of vitamin C recognition and transport by mammalian SVCT1 transporter
要素Solute carrier family 23 member 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / Vitamin C (ビタミンC) / sodium (ナトリウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / intracellular organelle / sodium ion transport / 刷子縁 ...L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / intracellular organelle / sodium ion transport / 刷子縁 / basal plasma membrane / lung development / brain development / response to toxic substance / apical plasma membrane / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
ビタミンC / Solute carrier family 23 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者She, J. / Wang, M. / He, J. / Zhang, K. / Li, S.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)GG2070000569 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFF0600801 中国
Other governmentKY9100000032
Other governmentWK2070000183
Other governmentWK9100000044
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of vitamin C recognition and transport by mammalian SVCT1 transporter.
著者: Mingxing Wang / Jin He / Shanshan Li / Qianwen Cai / Kaiming Zhang / Ji She /
要旨: Vitamin C (L-ascorbic acid) is an essential nutrient for human health, and its deficiency has long been known to cause scurvy. Sodium-dependent vitamin C transporters (SVCTs) are responsible for ...Vitamin C (L-ascorbic acid) is an essential nutrient for human health, and its deficiency has long been known to cause scurvy. Sodium-dependent vitamin C transporters (SVCTs) are responsible for vitamin C uptake and tissue distribution in mammals. Here, we present cryogenic electron microscopy structures of mouse SVCT1 in both the apo and substrate-bound states. Mouse SVCT1 forms a homodimer with each protomer containing a core domain and a gate domain. The tightly packed extracellular interfaces between the core domain and gate domain stabilize the protein in an inward-open conformation for both the apo and substrate-bound structures. Vitamin C binds at the core domain of each subunit, and two potential sodium ions are identified near the binding site. The coordination of sodium ions by vitamin C explains their coupling transport. SVCTs probably deliver substrate through an elevator mechanism in combination with local structural arrangements. Altogether, our results reveal the molecular mechanism by which SVCTs recognize vitamin C and lay a foundation for further mechanistic studies on SVCT substrate transport.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 23 member 1
B: Solute carrier family 23 member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6458
ポリマ－131,2012
非ポリマー4446
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 23 member 1 / Na(+)/L-ascorbic acid transporter 1 / Sodium-dependent vitamin C transporter 1 / Yolk sac permease- ...Na(+)/L-ascorbic acid transporter 1 / Sodium-dependent vitamin C transporter 1 / Yolk sac permease-like molecule 3


分子量: 65600.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc23a1, Svct1, Yspl3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Z2J0
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / アスコルビン酸 / ビタミンC


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SVCT1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2370225 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0087964
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.08910870
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.1741088
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0651290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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