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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yii | ||||||
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タイトル | Carboxylesterase - RoCE | ||||||
要素 | Non-heme haloperoxidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase / dimer / ester hydrolase / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase family / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / Alpha/beta hydrolase fold-1 / peroxidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Non-heme haloperoxidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus opacus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Dou, Z. / Jia, P. / Ni, Y. / Xu, G.C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Carboxylesterase - RoCE 著者: Dou, Z. / Jia, P. / Ni, Y. / Xu, G.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yii.cif.gz | 120 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yii.ent.gz | 90.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yii.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/7yii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/7yii | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4rncS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28405.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: R1CP_28090 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1B1KCC1, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris buffer (pH 6.5), 25% PEG 300 (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→24.34 Å / Num. obs: 55437 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.01 / Num. unique obs: 2642 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4RNC 解像度: 1.78→24.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.988 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.69 Å2 / Biso mean: 20.428 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→24.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.782→1.828 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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