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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xxk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GMP | ||||||
要素 | Nucleoprotein核タンパク質 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / C-terminal domain (C末端) / nucleocapsid (カプシド) / GMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / RNA stem-loop binding / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / RNA stem-loop binding / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / molecular condensate scaffold activity / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / カプシド / Interferon alpha/beta signaling / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, R.J. / Ni, X.C. / Lei, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GMP 著者: Zhou, R.J. / Ni, X.C. / Lei, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xxk.cif.gz | 164.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xxk.ent.gz | 127.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7c22S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 13374.036 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9 |
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-非ポリマー , 8種, 829分子
#2: 化合物 | ChemComp-SCN / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-GUN / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-GMP / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M potassium thiocyanate, 30% w/v PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.91 Å / Num. obs: 45025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.274 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3254 / CC1/2: 0.791 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7C22 解像度: 2→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.23 / SU Rfree Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
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原子変位パラメータ | Biso max: 84.21 Å2 / Biso mean: 28.69 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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