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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xm2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Keap1 Kelch domain (residues 322-609) in complex with NXPZ-2 | |||||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | |||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / oxidative stress sensor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, K. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Crystallography-Guided Optimizations of the Keap1-Nrf2 Inhibitors on the Solvent Exposed Region: From Symmetric to Asymmetric Naphthalenesulfonamides. 著者: Liu, G. / Hou, R. / Xu, L. / Zhang, X. / Yan, J. / Xing, C. / Xu, K. / Zhuang, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xm2.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xm2.ent.gz | 54.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31936.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.05 M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19560 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 1932 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4XMB 解像度: 2.3→46.67 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.7729 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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