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- PDB-7xbt: Crystal structure of the adenylation domain of CmnG in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xbt
タイトルCrystal structure of the adenylation domain of CmnG in complex with AMP
要素CmnG
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Adenylation (アデニリル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme ...Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / CmnG
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharothrix mutabilis subsp. capreolus (ストレプトマイセス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Chen, I.H. / Wang, Y.L. / Chang, C.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-A49-026-MY3 台湾
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022
タイトル: Characterization and Structural Determination of CmnG-A, the Adenylation Domain That Activates the Nonproteinogenic Amino Acid Capreomycidine in Capreomycin Biosynthesis.
著者: Chen, I.H. / Cheng, T. / Wang, Y.L. / Huang, S.J. / Hsiao, Y.H. / Lai, Y.T. / Toh, S.I. / Chu, J. / Rudolf, J.D. / Chang, C.Y.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CmnG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6143
ポリマ－56,2421
非ポリマー3722
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.451, 77.451, 192.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CmnG


分子量: 56242.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharothrix mutabilis subsp. capreolus (ストレプトマイセス属)
遺伝子: cmnG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6YEH8
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% w/v PEG-1000, and 100 mM HEPES, pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 51783 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 28.79
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / Num. unique obs: 5095 / CC1/2: 0.902 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XBS

7xbs


解像度: 1.84→25.18 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 2549 5 %RANDOM
Rwork0.1967 48401 --
obs0.1985 50950 97.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.82 Å2 / Biso mean: 27.4625 Å2 / Biso min: 7.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→25.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3744 0 24 300 4068
Biso mean--21.02 28.59 -
残基数----487
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.870.29371190.23332149226881
1.87-1.910.23021390.21612518265794
1.91-1.950.26281390.20832680281999
1.95-20.221340.210927242858100
2-2.050.2251520.203826652817100
2.05-2.10.25381460.205627022848100
2.1-2.160.2241400.227082848100
2.16-2.230.22241220.195327092831100
2.23-2.310.24671320.199227322864100
2.31-2.40.23851720.201627032875100
2.4-2.510.25281590.201427002859100
2.51-2.650.23641310.204727212852100
2.65-2.810.22421300.20227582888100
2.81-3.030.27131450.208827432888100
3.03-3.330.24511460.20082756290299
3.33-3.810.21371520.18712770292299
3.81-4.80.20221600.16572804296499
4.8-25.180.23261310.19922859299095
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.9473 Å / Origin y: 22.9506 Å / Origin z: 16.4519 Å
111213212223313233
T0.2515 Å20.0421 Å2-0.0302 Å2-0.0468 Å2-0.0055 Å2--0.0975 Å2
L1.51 °2-0.2693 °2-0.2739 °2-1.9545 °2-0.1736 °2--1.4136 °2
S0.1311 Å °0.1449 Å °-0.1696 Å °-0.3279 Å °-0.0894 Å °-0.0576 Å °0.1864 Å °0.0355 Å °-0.0347 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 489
2X-RAY DIFFRACTION1allA501
3X-RAY DIFFRACTION1allB1
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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