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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x36 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hetero-Diels-Alderase EupfF | ||||||
要素 | EupfF | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / hetero-Diels-Alderase | ||||||
機能・相同性 | 安息香酸 / alpha-D-mannopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Penicillium janthinellum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, J. / Lu, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Calcium-dependent glycosylated enzyme in the tandem hetero-Diels-Alder reaction 著者: Zhou, J. / Lu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x36.cif.gz | 390.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x36.ent.gz | 255.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x36.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x36 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7x2sC 7x2xC 7x2nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41382.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium janthinellum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-糖 , 5種, 18分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / #11: 糖 | ChemComp-MAN / | |
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-非ポリマー , 6種, 1170分子
#6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-GOL / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate, PH=5.0, 20%(w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→46.9 Å / Num. obs: 146341 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7184 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.515 / Rrim(I) all: 0.871 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7X2N 解像度: 1.92→46.9 Å / SU ML: 0.2514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.3735 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→46.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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