[日本語] English
万見
- PDB-7wm6: Crystal structure of SAH-bound TrmM from Mycoplasma capricolum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wm6
タイトルCrystal structure of SAH-bound TrmM from Mycoplasma capricolum
要素Methyltransferaseメチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / tRNA (転移RNA) / m6A / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / macromolecule modification / primary metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / : / メチル化 / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma capricolum subsp. capricolum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Jeong, H. / Kim, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterization of TrmM in m 6 A modification of bacterial tRNA.
著者: Jeong, H. / Lee, Y. / Kim, J.
履歴
登録2022年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4749
ポリマ－115,1294
非ポリマー1,3455
水55831
1
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0454
ポリマ－57,5652
非ポリマー4802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
2
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4295
ポリマ－57,5652
非ポリマー8653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.390, 75.890, 95.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Methyltransferase / メチルトランスフェラーゼ


分子量: 28782.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma capricolum subsp. capricolum (バクテリア)
遺伝子: MCGM508_01850
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0C2W699
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 0.2 M Ammonium sulfate 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→47.64 Å / Num. obs: 34219 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 210998 / Scaling rejects: 1625
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.54-2.6562.3852484141610.4131.0462.6121.496.9
8.8-47.645.80.06549908530.9940.0290.07219.295.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LPM

3lpm


解像度: 2.54→47.64 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 1667 4.88 %
Rwork0.2093 32458 -
obs0.2121 34125 97.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 54.6667 Å2 / Biso min: 21.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6929 0 88 31 7048
Biso mean--56.58 39.71 -
残基数----891
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.54-2.610.42981330.34032634276795
2.61-2.70.38291420.32172685282798
2.7-2.80.37351550.28722708286398
2.8-2.910.33111510.26542689284098
2.91-3.040.34731550.25232664281996
3.04-3.20.2941000.25042678277895
3.2-3.40.28561300.2082748287899
3.4-3.660.25881530.19462710286398
3.66-4.030.2316860.19062752283897
4.03-4.610.19141550.16322692284796
4.61-5.810.25821480.17972760290898
5.81-47.640.22781590.18882738289796

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る