PDB-7w9l: Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K)-beta1-beta2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w9l

タイトル

Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K)-beta1-beta2 complex

要素

(Sodium channel subunit beta- ...ナトリウムチャネル) x 2
Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

Nav1.7 /

SCN9A /

cryo-EM (低温電子顕微鏡法)

機能・相同性

機能・相同性情報

corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction /

voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport /

ランヴィエの絞輪 / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / locomotion /

voltage-gated sodium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization /

sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport /

voltage-gated calcium channel complex / behavioral response to pain / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction /

脱分極 / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / calcium ion import across plasma membrane / sodium channel regulator activity / sodium ion transmembrane transport /

介在板 / cardiac muscle contraction / sensory perception of pain /

横行小管 / post-embryonic development /

軸索誘導 / response to toxic substance / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / positive regulation of neuron projection development /

概日リズム /

nervous system development /

遺伝子発現 / response to heat /

perikaryon / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding /

細胞接着 /

炎症 /

神経繊維 /

シナプス / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Yan, N. / Huang, G. / Liu, D. / Wei, P. / Shen, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: High-resolution structures of human Na1.7 reveal gating modulation through α-π helical transition of S6.
著者: Gaoxingyu Huang / Dongliang Liu / Weipeng Wang / Qiurong Wu / Jiaofeng Chen / Xiaojing Pan / Huaizong Shen / Nieng Yan /

要旨: Na1.7 represents a preeminent target for next-generation analgesics for its critical role in pain sensation. Here we report a 2.2-Å resolution cryo-EM structure of wild-type (WT) Na1.7 complexed ...

履歴

登録	2021年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w9l.cif.gz	361.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w9l.ent.gz	288.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/7w9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/7w9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32369MC 32368C 32370C 32371C 32372C 7w9kC 7w9mC 7w9pC 7w9tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (17) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

B: Sodium channel subunit beta-1

C: Sodium channel subunit beta-2

ヘテロ分子

300 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Sodium channel protein type 9 subunit alpha / ナトリウムチャネル / Neuroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / Sodium channel protein ...Neuroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / Sodium channel protein type IX subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.7 分子量: 231211.922 Da / 分子数: 1 / 変異: E406K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN9A, NENA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15858

#1: タンパク質

Sodium channel protein type 9 subunit alpha /

ナトリウムチャネル / Neuroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / Sodium channel protein ...

分子量: 231211.922 Da / 分子数: 1 / 変異: E406K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN9A, NENA / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15858

-
Sodium channel subunit beta- ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質	Sodium channel subunit beta-1 / ナトリウムチャネル分子量: 24732.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN1B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07699
#3: タンパク質	Sodium channel subunit beta-2 / ナトリウムチャネル分子量: 24355.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN2B, UNQ326/PRO386 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60939

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 29分子

#6: 化合物	ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン / ホスファチジルセリン分子量: 792.075 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₁₀P
#7: 化合物	ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト分子量: 486.726 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₀O₄
#8: 化合物	ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en 分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₆O₅ / コメント: 可溶化剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-LPE / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / LPC-ETHER / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 510.708 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₅₇NO₆P
#10: 化合物	ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 787.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₈₅NO₈P / コメント: DOPC, リン脂質*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 279.99 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₁ (非対称)
3次元再構成	解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1197096 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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