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- PDB-7vm0: Crystal structure of YojK from B.subtilis in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vm0
タイトルCrystal structure of YojK from B.subtilis in complex with UDP
要素Glycosyl transferase family 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / complex / dimer
機能・相同性UDP-glycosyltransferase, MGT-like / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / hexosyltransferase activity / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / グリコシルトランスフェラーゼ
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hou, X.D. / Guo, B.D. / Rao, Y.J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Other private2018YFA0901700 中国
Other privateJUSRP12015 中国
Other private2020M671329 中国
Other private2020Z383 中国
引用ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2022
タイトル: Highly efficient production of rebaudioside D enabled by structure-guided engineering of bacterial glycosyltransferase YojK.
著者: Guo, B. / Hou, X. / Zhang, Y. / Deng, Z. / Ping, Q. / Fu, K. / Yuan, Z. / Rao, Y.
履歴
登録2021年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年10月19日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase family 1
B: Glycosyl transferase family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8078
ポリマ－93,6002
非ポリマー1,2076
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.602, 81.053, 100.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl transferase family 1 / Glycosyltransferase / Macrolide glycosyltransferase


分子量: 46799.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yojK1, B4417_0117, CFD21_20150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7V2W3
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.09 M magnesium chloride, 0.09 M Tris-HCl, pH8.0, 25.2% (w/v) PEG3,350 and 0.05M sodium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 58223 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 401222
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9370.5329110.8980.2150.5730.88699.5
1.93-1.977.10.47428910.9080.1920.5120.94499.2
1.97-2.0170.4129210.9240.1660.4430.94399.5
2.01-2.0570.35828940.9370.1450.3870.96299.3
2.05-2.0970.30829240.950.1250.3330.99699.2
2.09-2.1470.25928970.9620.1050.280.98798.9
2.14-2.196.90.2329120.9690.0940.2490.99698.9
2.19-2.256.90.20128670.9760.0820.2181.00398.7
2.25-2.326.70.1829300.980.0750.1951.00298.8
2.32-2.396.10.15128190.980.0660.1651.00896.3
2.39-2.4870.14329150.9860.0580.1551.00999.5
2.48-2.587.20.13229550.9870.0530.1421.01499.9
2.58-2.77.10.11429190.990.0460.1230.99899.8
2.7-2.847.10.10129130.990.0410.1090.99199.4
2.84-3.0270.08829280.9920.0360.0950.9698.6
3.02-3.256.80.07928860.9920.0330.0860.93298.5
3.25-3.586.30.06928830.9940.0290.0750.92696.8
3.58-4.097.20.06329340.9950.0260.0680.9299.6
4.09-5.1670.05929690.9940.0240.0640.85699.5
5.16-506.40.05629550.9960.0240.0610.75597.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0238精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KQX

6kqx


解像度: 1.9→42.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.87 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 2799 4.8 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1999 55196 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.69 Å2 / Biso mean: 22.986 Å2 / Biso min: 5.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0.17 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6278 0 76 173 6527
Biso mean--20.56 20.24 -
残基数----792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.6538738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3721.58213905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2365787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9324.332337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.949151153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4711522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021306
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 177 -
Rwork0.248 3884 -
all-4061 -
obs--93.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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