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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vk3 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.10 A resolution-2 | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / main protease (3C様プロテアーゼ) / SFX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host gene expression / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | DeMirci, H. / Guven, O. | |||||||||
資金援助 | 米国, トルコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2021 タイトル: Case Study of High-Throughput Drug Screening and Remote Data Collection for SARS-CoV-2 Main Protease by Using Serial Femtosecond X-ray Crystallography 著者: Guven, O. / Gul, M. / Ayan, E. / Johnson, J.A. / Cakilkaya, B. / Usta, G. / Ertem, F.B. / Tokay, N. / Yuksel, B. / Gocenler, O. / Buyukdag, C. / Botha, S. / Ketawala, G. / Su, Z. / Hayes, B. ...著者: Guven, O. / Gul, M. / Ayan, E. / Johnson, J.A. / Cakilkaya, B. / Usta, G. / Ertem, F.B. / Tokay, N. / Yuksel, B. / Gocenler, O. / Buyukdag, C. / Botha, S. / Ketawala, G. / Su, Z. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Batyuk, A. / Yoon, C.H. / Kupitz, C. / Durdagi, S. / Sierra, R.G. / DeMirci, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vk3.cif.gz | 192 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vk3.ent.gz | 151.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vk3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7vjwC 7vjxC 7vjyC 7vjzC 7vk0C 7vk1C 7vk2C 7vk4C 7vk5C 7vk6C 7vk7C 7vk8C 7cwcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, 3C様プロテアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, 30% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.25 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SLAC ePix10k 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月16日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.25 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→46.8 Å / Num. obs: 45521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 5.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CWC 解像度: 2.1→46.8 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 141.6 Å2 / Biso mean: 53.5519 Å2 / Biso min: 17.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→46.8 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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