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万見
- PDB-7v3r: Crystal structure of CMET in complex with a novel inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v3r
タイトルCrystal structure of CMET in complex with a novel inhibitor
要素Hepatocyte growth factor receptorC-Met
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis ...hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET receptor recycling / 膵臓 / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / 食作用 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / basal plasma membrane / negative regulation of autophagy / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / molecular function activator activity / Negative regulation of MET activity / 受容体型チロシンキナーゼ / neuron differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / リン酸化 / 細胞膜 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5IE / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Su, H.X. / Liu, Q.F. / Chen, T.T. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of 10H-Benzo[b]pyrido[2,3-e][1,4]oxazine AXL Inhibitors via Structure-Based Drug Design Targeting c-Met Kinase
著者: Zhan, Z. / Ji, Y. / Su, H. / Fang, C. / Peng, X. / Liu, Q. / Dai, Y. / Lin, D. / Xu, Y. / Ai, J. / Duan, W.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5352
ポリマ－36,0341
非ポリマー5011
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.083, 80.833, 90.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / C-Met / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 36033.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1038-1346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08581, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-5IE / ~{N}1'-[3-fluoranyl-4-(2-phenylazanylpyrimidin-4-yl)oxy-phenyl]-~{N}1-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide


分子量: 501.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H21F2N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, 8% isopropanol, 3 mM TECP, 16% PEG4000, pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 254375
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.737.20.42617730.841199.9
1.73-1.767.20.37117420.8821100
1.76-1.797.20.35317890.9251100
1.79-1.837.20.30217170.921100
1.83-1.877.20.25717750.964199.9
1.87-1.917.30.22717320.9591100
1.91-1.967.30.2117891.0121100
1.96-2.027.30.18717491.018199.9
2.02-2.077.30.15417801.0371100
2.07-2.147.30.13717631.0311100
2.14-2.227.30.1217621.017199.9
2.22-2.317.20.10917721.0181100
2.31-2.417.20.10317881.0431100
2.41-2.547.10.10118041.1661100
2.54-2.77.10.10117831.3271100
2.7-2.916.90.09117791.3551100
2.91-3.26.80.0818071.3741100
3.2-3.666.80.06318291.0851100
3.66-4.616.90.05518400.94199.8
4.61-506.70.05719630.479199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.9 Å35.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GG5

4gg5


解像度: 1.7→35.07 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 1750 4.93 %
Rwork0.1675 33774 -
obs0.1686 35524 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.64 Å2 / Biso mean: 18.6094 Å2 / Biso min: 4.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 0 37 216 2453
Biso mean--12.33 27.39 -
残基数----285
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.750.19051320.17772644277695
1.75-1.810.21721420.17542759290199
1.81-1.870.22521610.164927932954100
1.87-1.950.18051510.166627712922100
1.95-2.030.19341620.163427692931100
2.03-2.140.16941440.156128112955100
2.14-2.280.17171220.157228312953100
2.28-2.450.21451400.164828222962100
2.45-2.70.15441520.173628312983100
2.7-3.090.21291640.172128202984100
3.09-3.890.18911480.16528823030100
3.89-35.070.18571320.17230413173100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0239-3.76781.05847.1534-3.83852.9571-0.17140.17170.46940.3239-0.139-0.5724-0.34910.26130.2940.2087-0.06480.01040.15570.06720.240317.7756-0.205-38.9511
25.4802-0.1867-1.094.432-0.26134.60680.07980.5503-0.1879-0.644-0.0510.14250.4365-0.3855-0.03250.2514-0.0189-0.0180.16250.01790.082811.4039-19.8268-41.2959
32.7611-1.1526-0.20416.6904-0.25173.1279-0.00180.20680.1199-0.1234-0.04840.1855-0.20080.05060.0350.1378-0.02950.01890.14560.05270.077112.4552-10.2319-36.8746
41.0241-0.2331-0.21641.3839-1.51124.74920.0717-0.00840.14-0.0102-0.1693-0.0909-0.44710.57060.08150.1672-0.08560.01530.20020.0280.131917.1284-11.0563-31.9157
50.7712-0.0882-0.68240.557-1.04543.8550.01770.0579-0.024-0.1227-0.0759-0.01260.09980.18560.0430.0654-0.0256-0.00610.09460.00450.102310.0362-20.6814-20.1874
62.0056-1.2759-2.90684.84163.79642.0080.04160.8496-0.059-0.63750.0620.3659-0.1909-0.7234-0.13290.2725-0.0176-0.03280.33170.04950.224-4.6227-14.1031-27.0135
72.9034-0.27340.14753.75520.07432.4422-0.03310.19650.1179-0.1631-0.05710.2122-0.1543-0.2790.090.0722-0.0133-0.01650.12290.00870.076-3.0335-14.1502-13.718
83.8995-0.84360.10311.676-0.30231.4423-0.01930.07240.05950.01560.03360.0764-0.0688-0.0338-0.01220.0505-0.01940.00030.0565-0.00080.03590.884-17.2467-4.6095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1053 through 1072 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1073 through 1098 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1099 through 1131 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1132 through 1153 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1154 through 1224 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1225 through 1246 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1247 through 1288 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1289 through 1346 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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