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万見
- PDB-7v2o: T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v2o
タイトルT.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K4
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16s ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase AリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 30S subunit / KsgA / rRNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / 30S ribosomal protein Thx ...rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Raina, R. / Singh, J. / Anand, R. / Vinothkumar, K.R.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)RJN-094/2017 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/19/1/504293 インド
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Decoding the Mechanism of Specific RNA Targeting by Ribosomal Methyltransferases.
著者: Juhi Singh / Rahul Raina / Kutti R Vinothkumar / Ruchi Anand /
要旨: Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high- ...Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high-resolution structure of the 30S-KsgA complex by cryo-electron microscopy, a state was captured, where KsgA juxtaposes between helices h44 and h45 of the 30S ribosome, separating them, thereby enabling remodeling of the surrounded rRNA and allowing the cognate site to enter the methylation pocket. With the structure as a guide, several mutant versions of the ribosomes, where interacting bases in the catalytic helix h45 and surrounding helices h44, h24, and h27, were mutated and evaluated for their methylation efficiency revealing factors that direct the enzyme to its cognate site with high fidelity. The biochemical studies show that the three-dimensional environment of the ribosome enables the interaction of select loop regions in KsgA with the ribosome helices paramount to maintain selectivity.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16s ribosomal RNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14 type Z
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
U: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
V: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)817,11424
ポリマ－816,98322
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P0DOY9
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P0DOY6
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P0DOY7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80380
#22: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / リボソーム / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SIH3

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RNA鎖 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 4分子 AU

#1: RNA鎖 16s ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: M26923.1
#21: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / リボソームRNA / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine ...16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine transferase / 16S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 33588.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: rsmA, ksgA, BSU00420 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P37468, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#23: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
130S ribosomal with bound KsgA, a RNA methyltransferaseRIBOSOME30S ribosomal subunit purified from delta KsgA strain and KsgA recombinantly purified has been added after isolation for complex formation#1-#220MULTIPLE SOURCES
230S ribosomal subunitProkaryotic small ribosomal subunitRIBOSOME#1-#20, #221NATURAL
3KsgACOMPLEX#211RECOMBINANT
分子量値: 0.74 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)300852
23Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)224308
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHepes1
240 mMAmmonium chloride1
34 mMMagensium acetate1
46 mMBeta mercaptoethanol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: ~2 micromolar concentration of ribosome+KsgA was used during freezing
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 101449 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
詳細: Total number of frames is 30. Each frame had 1.43 e/A2
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正Determine CTF value
5RELION3.1CTF補正CTF correction
8Coot0.9.5モデルフィッティング
9UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
15PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
16REFMAC5.8.0267モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64307 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 109.3 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
詳細: Phenix was used in real space for initial refinement. The final refinements was performed with REFMAC within ccpem
原子モデル構築PDB-ID: 4B3R

4b3r

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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