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- PDB-7v0g: Structure of cAMP-dependent protein kinase using a MD-MX procedur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v0g
タイトルStructure of cAMP-dependent protein kinase using a MD-MX procedure, produced using 1.63 Angstrom data
要素
  • Peptide from cAMP-dependent protein kinase inhibitor alphaペプチド
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alphaCAMP-dependent pathway
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / protein kinase activity (プロテインキナーゼ) / cAMP-dependent protein kinase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion ...spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / RET signaling / Ion homeostasis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / nucleotide-activated protein kinase complex / regulation of cellular respiration / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cellular response to cold / sperm capacitation / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / axoneme / protein kinase A catalytic subunit binding / plasma membrane raft / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / protein kinase A signaling / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of TORC1 signaling / sperm midpiece / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein export from nucleus / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / 転写後修飾 / small GTPase binding / presynapse / cellular response to heat / manganese ion binding / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / 樹状突起スパイン / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Wych, D.C. / Aoto, P.C. / Wall, M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentUniversity of California Laboratory Fees Research Program (LFR-17-476732) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular-dynamics simulation methods for macromolecular crystallography.
著者: Wych, D.C. / Aoto, P.C. / Vu, L. / Wolff, A.M. / Mobley, D.L. / Fraser, J.S. / Taylor, S.S. / Wall, M.E.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
I: Peptide from cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5147
ポリマ－42,8492
非ポリマー6665
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.976, 79.744, 99.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / CAMP-dependent pathway / PKA C-alpha


分子量: 40737.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkaca, Pkaca / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05132, プロテインキナーゼA
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / ペプチド / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2111.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Residues 5-23 of the PKA-C inhibitor PKI / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925

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非ポリマー , 4種, 500分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.05 M MES pH 5.2, 0.05 M MgCl2, and 0.005 M DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 285 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
詳細: Primary Mirror: Flat; Secondary Mirror: uncooled cyllindrical silicon bent into torroid; 2:1 demagnification; Both mirrors coated with Pt/Rh
放射モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→47.42 Å / Num. obs: 58663 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1056 / Rpim(I) all: 0.0534 / Rrim(I) all: 0.1188 / Net I/av σ(I): 7.39 / Net I/σ(I): 7.39
反射 シェル解像度: 1.63→1.688 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 5770 / CC1/2: 0.529 / CC star: 0.832 / Rpim(I) all: 0.6996 / Rrim(I) all: 0.1188 / % possible all: 99.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FJQ

3fjq


解像度: 1.63→42.07 Å / SU ML: 0.1774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.2502
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1625 1999 3.41 %
Rwork0.1163 56641 -
obs0.1179 58640 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 0 39 495 3392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9944391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0549463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.18941234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.670.30031400.22843974X-RAY DIFFRACTION99.78
1.67-1.720.29071410.21683998X-RAY DIFFRACTION99.66
1.72-1.770.22581420.20074005X-RAY DIFFRACTION99.5
1.77-1.820.25851420.17744006X-RAY DIFFRACTION99.86
1.82-1.890.22061410.1554012X-RAY DIFFRACTION99.83
1.89-1.960.16931420.12014022X-RAY DIFFRACTION99.83
1.96-2.050.17871420.10724051X-RAY DIFFRACTION99.71
2.05-2.160.15511430.09944028X-RAY DIFFRACTION99.57
2.16-2.30.14951420.09324037X-RAY DIFFRACTION99.62
2.3-2.470.15181420.09164041X-RAY DIFFRACTION99.67
2.47-2.720.151430.0994060X-RAY DIFFRACTION99.41
2.72-3.120.14871440.10574079X-RAY DIFFRACTION98.9
3.12-3.930.13521460.09894106X-RAY DIFFRACTION99.23
3.93-42.070.14531490.11834222X-RAY DIFFRACTION97.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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