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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7urw | ||||||
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タイトル | Tetradecameric hub domain of CaMKII beta | ||||||
要素 | Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CaMKII (Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII) / Kinase (キナーゼ) / Human (ヒト) / CAMK2B | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / positive regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors ...regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / positive regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / 長期増強 / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / positive regulation of neuron projection development / Signaling by RAF1 mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / actin binding / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / 細胞分化 / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 中心体 / シナプス / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | Ozden, C. / Samkutty, A. / Stratton, M.M. / Garman, S.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tetradecameric hub domain of CaMKII beta 著者: Ozden, C. / Samkutty, A. / Stratton, M.M. / Garman, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7urw.cif.gz | 179.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7urw.ent.gz | 142.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7urw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7urw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7urw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ux0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15588.548 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2B, CAM2, CAMK2, CAMKB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q13554, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M imidazole pH 7, 0.15 M DL-Malic acid, 22% PEG methyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K thorughout the collection / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日 / 詳細: Rigaku VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 18780 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.32 / Χ2: 2.847 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 115675 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2UX0 解像度: 3.11→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 29.173 / SU ML: 0.481 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 173.68 Å2 / Biso mean: 66.961 Å2 / Biso min: 38.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.11→37.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.11→3.186 Å / Rfactor Rfree error: 0
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