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- PDB-7tyb: Salicylate Adenylate PchD from Pseudomonas aeruginosa containing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tyb
タイトルSalicylate Adenylate PchD from Pseudomonas aeruginosa containing salicyl-AMS
要素Pyochelin biosynthesis protein PchD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / siderophore (シデロホア)
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate-[aryl-carrier protein] ligase
類似検索 - 分子機能
AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[(2-hydroxybenzoyl)sulfamoyl]adenosine / Pyochelin synthase PchD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Meneely, K.M. / Shelton, C.L. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127655 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1904494 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K12GM063651 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Rational inhibitor design for Pseudomonas aeruginosa salicylate adenylation enzyme PchD.
著者: Shelton, C.L. / Meneely, K.M. / Ronnebaum, T.A. / Chilton, A.S. / Riley, A.P. / Prisinzano, T.E. / Lamb, A.L.
履歴
登録2022年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyochelin biosynthesis protein PchD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4492
ポリマ－59,9821
非ポリマー4661
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.064, 44.834, 67.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.091, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Pyochelin biosynthesis protein PchD


分子量: 59982.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pchD, PA4228 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9HWG3
#2: 化合物 ChemComp-KT0 / 5'-O-[(2-hydroxybenzoyl)sulfamoyl]adenosine / (2-ヒドロキシベンゾイル)スルファミン酸5′-アデノシル


分子量: 466.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N6O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES pH 5.4, 0.03 M ammonium chloride, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月23日 / 詳細: Mirror: Rh coated flat bent mirror
放射モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→39.48 Å / Num. obs: 29938 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 17.06 Å2 / Rpim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.18 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2235 / Rpim(I) all: 0.426 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MDB

1mdb


解像度: 2.11→37.01 Å / SU ML: 0.2384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.5111
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 1867 6.68 %
Rwork0.1677 26085 -
obs0.1717 27952 92.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 32 139 4212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01694200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64985710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0719628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0145761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3906602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.170.3191170.23171680X-RAY DIFFRACTION77.83
2.17-2.240.33211330.20141798X-RAY DIFFRACTION83.81
2.24-2.310.27521350.21441875X-RAY DIFFRACTION87.89
2.31-2.390.26221400.17551960X-RAY DIFFRACTION91.19
2.39-2.490.2851400.17331969X-RAY DIFFRACTION91.1
2.49-2.60.28911420.17481994X-RAY DIFFRACTION92.79
2.6-2.740.25221380.171994X-RAY DIFFRACTION93.39
2.74-2.910.2381470.17032029X-RAY DIFFRACTION93.71
2.91-3.130.23261500.16442080X-RAY DIFFRACTION96.04
3.13-3.450.20071530.15372119X-RAY DIFFRACTION97.8
3.45-3.950.16561550.1472153X-RAY DIFFRACTION98.84
3.95-4.970.17011550.13152183X-RAY DIFFRACTION99.11
4.97-37.010.22091620.18582251X-RAY DIFFRACTION99.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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