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万見
- PDB-7rc5: Aeronamide N-methyltransferase, AerE (N231A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rc5
タイトルAeronamide N-methyltransferase, AerE (N231A)
要素Methyltransferase family protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SAM-dependent / peptide cytotoxin / proteusin
機能・相同性Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / methyltransferase activity / メチル化 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / TRIETHYLENE GLYCOL / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Methyltransferase family protein
機能・相同性情報
生物種Microvirgula aerodenitrificans DSM 15089 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Reyes, R. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism for iterative amide N -methylation in the biosynthesis of channel-forming peptide cytotoxins.
著者: Cogan, D.P. / Bhushan, A. / Reyes, R. / Zhu, L. / Piel, J. / Nair, S.K.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5394
ポリマ－41,9651
非ポリマー5753
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.518, 77.518, 151.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase family protein


分子量: 41964.516 Da / 分子数: 1 / 変異: N231A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microvirgula aerodenitrificans DSM 15089 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A329B7M1
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% PEG 300, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.876→67.133 Å / Num. obs: 35665 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 17.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.876→1.908 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1591 / CC1/2: 0.639 / Rpim(I) all: 0.464 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RC2

7rc2


解像度: 1.88→50.28 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1729 4.85 %
Rwork0.1878 33897 -
obs0.1894 35626 80.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.54 Å2 / Biso mean: 31.6483 Å2 / Biso min: 17.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→50.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 37 213 3136
Biso mean--34.65 39.62 -
残基数----374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.88-1.90.373900.27931500159099
1.98-1.990.2269240.232768070498
1.99-2.040.27221330.21072359249299
2.1-2.150.2355970.181519362033100
2.15-2.240.20821890.177934533642100
2.24-2.360.19191980.171234463644100
2.36-2.510.17821460.183234973643100
2.51-2.70.21971450.17452976312185
2.7-2.980.20921500.20335303680100
2.98-3.410.2261840.192734873671100
3.41-4.290.20741730.17463356352994
4.29-50.280.23632000.19363677387799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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