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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rc4 | ||||||
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タイトル | Aeronamide N-methyltransferase, AerE (D141A) | ||||||
要素 | Methyltransferase family protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SAM-dependent / peptide cytotoxin / proteusin | ||||||
機能・相同性 | Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / methyltransferase activity / メチル化 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Methyltransferase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Microvirgula aerodenitrificans DSM 15089 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Cogan, D.P. / Reyes, R. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structure and mechanism for iterative amide N -methylation in the biosynthesis of channel-forming peptide cytotoxins. 著者: Cogan, D.P. / Bhushan, A. / Reyes, R. / Zhu, L. / Piel, J. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rc4.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rc4.ent.gz | 72.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rc4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41963.527 Da / 分子数: 1 / 変異: D141A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Microvirgula aerodenitrificans DSM 15089 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A329B7M1 |
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-非ポリマー , 6種, 387分子
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | ChemComp-P6G / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 37.5% PEG 300, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.659→67.199 Å / Num. obs: 61591 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 17.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.659→1.688 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.186 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3133 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.331 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7RC2 解像度: 1.66→40.41 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72 Å2 / Biso mean: 23.9829 Å2 / Biso min: 13.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.66→40.41 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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