PDB-7qwd: CC-Type2-(Ug)4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qwd

タイトル

CC-Type2-(Ug)4

要素

CC-Type2-(Ug)4

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) / aib /

coiled coil (コイルドコイル) /

pentamer /

2-Aminoisobutyric acid (2-アミノイソ酪酸)

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	340764	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB R00661X 1	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CC-Type2-(Ug)4
著者: Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qwd.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qwd.ent.gz	56.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qweC 7pna C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-(Ug)4

B: CC-Type2-(Ug)4

C: CC-Type2-(Ug)4

D: CC-Type2-(Ug)4

E: CC-Type2-(Ug)4

ヘテロ分子

16.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.108, 48.994, 89.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-(Ug)4 分子量: 3330.839 Da / 分子数: 5 / 変異: W19BrPhe / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.5 mM peptide, 50 mM SPG, 25 % w/v PEG 1500, at pH 6.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→43 Å / Num. obs: 32660 / % possible obs: 97.52 % / 冗長度: 76.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.13 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.4586 / R_pim(I) all: 0.04872 / R_rim(I) all: 0.4612 / Net I/σ(I): 11.11
反射シェル	解像度: 1.354→1.403 Å / 冗長度: 47.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 2788 / CC_1/2: 0.357 / CC star: 0.725 / R_pim(I) all: 1.529 / R_rim(I) all: 10.61 / % possible all: 85.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.35→43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.98 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.0726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2486	1614	5 %	RANDOM
R_work	0.2144	-	-	-
obs	0.2161	30975	97.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.85 Å² / B_iso mean: 23.86 Å² / B_iso min: 13.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.35→43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1123	0	5	66	1194
B_iso mean	-	-	49.38	31.11	-
残基数	-	-	-	-	152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.634	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	7.912	1.588	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.17	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.232	28.387	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.123	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	182
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.117	3	2416

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.354→1.389 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	109	-
R_work	0.379	1838	-
all	-	1947	-
obs	-	-	80.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6451	-2.8995	-6.0185	3.6977	2.0605	8.4657	-0.3301	0.4007	-0.2607	-0.1664	0.051	0.1496	0.2025	-0.4455	0.2791	0.0517	-0.0238	0.0072	0.0463	-0.0081	0.013	15.9987	-0.374	52.9002
2	4.4636	1.1633	-4.7127	1.8082	-1.7357	10.7787	-0.0928	-0.2635	0.206	0.1613	0.0437	-0.281	0.0131	0.2137	0.0491	0.0538	0.0364	-0.0389	0.034	-0.0335	0.0899	28.4312	5.325	64.9437
3	9.4611	2.5364	-8.4983	2.344	-2.5106	12.2493	-0.1859	-0.0342	-0.2098	0.0294	-0.0605	-0.3841	0.3036	0.1279	0.2464	0.0302	0.0177	-0.0099	0.0186	0.0122	0.0694	29.3271	-2.2645	59.6819
4	2.645	-0.4477	-4.5039	2.1738	0.4398	13.442	-0.0368	-0.0582	0.2482	0.0939	0.089	-0.0476	-0.2363	-0.1795	-0.0522	0.0229	0.0251	-0.0194	0.0298	-0.0182	0.0489	20.9984	7.3593	59.6213
5	7.0299	-0.4482	-6.2065	2.807	0.0297	9.9107	-0.1746	0.0732	-0.3305	-0.0793	0.0178	-0.2065	0.4486	-0.1565	0.1568	0.0308	0.0002	0.0074	0.0163	0.002	0.0415	21.9582	-4.9123	56.4122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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