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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qb0 | ||||||
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タイトル | Solution structure of paxillin LIM2/3 | ||||||
要素 | Isoform Alpha of Paxillin | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / LIM domain / Zinc finger (ジンクフィンガー) / integrin-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / neuropilin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / endothelial cell migration / Smooth Muscle Contraction / GAB1 signalosome ...Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / neuropilin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / endothelial cell migration / Smooth Muscle Contraction / GAB1 signalosome / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / cellular response to reactive oxygen species / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 遊走 / cell-cell junction / lamellipodium / 細胞皮質 / protein phosphatase binding / 細胞接着 / focal adhesion / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Prestel, A. / Michaelis, M. / Klishin, N. / Moeller, H.M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A flexible loop in the paxillin LIM3 domain mediates direct binding to integrin beta3 著者: Baade, T. / Michaelis, M. / Prestel, A. / Paone, C. / Klishin, N. / Scheinost, L. / Nedielkov, R. / Hauck, C.R. / Moeller, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qb0.cif.gz | 879.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qb0.ent.gz | 757.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qb0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14749.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PXN / プラスミド: pET-24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49023 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 150mM NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: H/C/N-TCI cryo probe |
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-解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |