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- PDB-7oui: Structure of C2S2M2-type Photosystem supercomplex from Arabidopsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oui
タイトルStructure of C2S2M2-type Photosystem supercomplex from Arabidopsis thaliana (digitonin-extracted)
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...Light-harvesting complexes of green plants) x 3
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...光化学系II) x 12
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • Lhcb1.4
  • Lhcb3.1
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
  • PsbTn
  • PsbX
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem II / plastid thylakoid membrane / regulation of protein dephosphorylation / photoinhibition / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / chloroplast stromal thylakoid / チラコイド ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / plastid thylakoid membrane / regulation of protein dephosphorylation / photoinhibition / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / chloroplast stromal thylakoid / チラコイド / 葉緑体 / response to high light intensity / チラコイド / chloroplast thylakoid / regulation of stomatal movement / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / vacuolar transport / response to abscisic acid / アポプラスト / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / : / チラコイド / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / poly(U) RNA binding / response to herbicide / 光化学系II / 色素体 / 葉緑体 / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / エンドソーム / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / 小胞体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / : / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / : / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / 炭酸水素塩 / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...Β-カロテン / 炭酸水素塩 / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / フェオフィチン / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / (thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Graca, A.T. / Hall, M. / Persson, K. / Schroder, W.P.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Other privateCarl Trygger スウェーデン
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: High-resolution model of Arabidopsis Photosystem II reveals the structural consequences of digitonin-extraction.
著者: André T Graça / Michael Hall / Karina Persson / Wolfgang P Schröder /
要旨: In higher plants, the photosynthetic process is performed and regulated by Photosystem II (PSII). Arabidopsis thaliana was the first higher plant with a fully sequenced genome, conferring it the ...In higher plants, the photosynthetic process is performed and regulated by Photosystem II (PSII). Arabidopsis thaliana was the first higher plant with a fully sequenced genome, conferring it the status of a model organism; nonetheless, a high-resolution structure of its Photosystem II is missing. We present the first Cryo-EM high-resolution structure of Arabidopsis PSII supercomplex with average resolution of 2.79 Å, an important model for future PSII studies. The digitonin extracted PSII complexes demonstrate the importance of: the LHG2630-lipid-headgroup in the trimerization of the light-harvesting complex II; the stabilization of the PsbJ subunit and the CP43-loop E by DGD520-lipid; the choice of detergent for the integrity of membrane protein complexes. Furthermore, our data shows at the anticipated MnCaO-site a single metal ion density as a reminiscent early stage of Photosystem II photoactivation.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Afonine, P.V. / Poon, B.K. / Read, R.J. / Sobolev, O.V. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Adams, P.D.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13078
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Lhcb1.4
2: Lhcb3.1
3: Lhcb1.4
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: PsbX
Z: Photosystem II reaction center protein Z
S: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
G: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
N: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
U: PsbTn
5: Lhcb1.4
6: Lhcb3.1
7: Lhcb1.4
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: PsbX
z: Photosystem II reaction center protein Z
s: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
g: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
n: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
y: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
u: PsbTn
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,321,043426
ポリマ－1,012,27452
非ポリマー308,770374
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 10分子 13572648Oo

#1: タンパク質
Lhcb1.4


分子量: 28193.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q39142
#2: タンパク質 Lhcb3.1


分子量: 26452.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q9S7M0
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23198.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q9LMQ2
#15: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane ...OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane protein / Manganese-stabilizing protein 1 / MSP-1 / OEC 33 kDa subunit


分子量: 26594.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P23321

-
Photosystem II ... , 12種, 24分子 AaBbCcDdHhIiKkLlMmTtWwZz

#4: タンパク質 Photosystem II protein D1 / 光化学系II / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38830.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P83755, 光化学系II
#5: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / 光化学系II / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56091.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56777
#6: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / 光化学系II / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 50086.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56778
#7: タンパク質 Photosystem II D2 protein / 光化学系II / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39444.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56761, 光化学系II
#10: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / 光化学系II / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein


分子量: 7575.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56780
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / 光化学系II / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4170.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P62100
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / 光化学系II / PSII-K


分子量: 4239.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56782
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / 光化学系II / PSII-L


分子量: 4471.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P60129
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / 光化学系II / PSII-M


分子量: 3783.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P62109
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / 光化学系II / PSII-T


分子量: 3825.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P61839
#17: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / 光化学系II / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 6036.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q39194
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / 光化学系II / PSII-Z


分子量: 6569.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56790

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#8: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9393.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56779
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta (PsbF) /


分子量: 4428.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P62095

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 XxUu

#18: タンパク質・ペプチド PsbX


分子量: 4186.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: A0A7G2E9B1
#23: タンパク質・ペプチド PsbTn


分子量: 3178.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q39195

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 10分子 SsGNYgnyRr

#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / LHCB5 / LHCIIc / Light-harvesting complex II protein 5


分子量: 25232.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q9XF89
#21: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b protein 140 / CAB-140 / LHCII type I CAB-1


分子量: 24885.072 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: P04778
#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / LHCB4.1 / LHCII protein 4.1


分子量: 27302.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q07473

-
糖 , 1種, 8分子

#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 18種, 505分子

#24: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#28: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#29: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#30: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#31: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 / プラストキノン


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#32: 化合物...
ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#33: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#34: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#36: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#37: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#38: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#39: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#40: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#41: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#42: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-LHCII, C2S2M2-type)光化学系IICOMPLEX#1-#230NATURAL
2CP24-LHCII (M-trimer)COMPLEX#1-#31NATURAL
3LHCII S-trimerCOMPLEX#21-#231NATURAL
4CP29COMPLEX#221NATURAL
5CP26COMPLEX#201NATURAL
6Photosystem II core complex (dimer)光化学系IICOMPLEX#4-#191NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.4 MDaYES
21NO
13
31NO
41NO
由来(天然)

細胞内の位置: Thylakoid Membrane / Ncbi tax-ID: 3702 / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype

IDEntity assembly-ID
21
32
43
54
65
76
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM HEPES-KOH pH7.5 + 0.01% (w/v) digitonin
緩衝液成分名称: HEPES-KOH
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Indicated sample concentration based on Chlorophyll measurement.
試料支持詳細: 50 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot force -5 Wait time 1s Blotting time 5s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.49 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12227

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.7.0画像取得
4cryoSPARC2.15CTF補正
9cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100712 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 48.35 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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