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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oq4 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the ATV RNAP Inhibitory Protein (RIP) bound to the DNA-binding channel of the host's RNA polymerase | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / viral inhibitor / transcription inhibition / ATV / archaeal virus / Archaea | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host transcription / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding ...symbiont-mediated suppression of host transcription / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Acidianus two-tailed virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||
データ登録者 | Pilotto, S. / Fouqueau, T. / Lukoyanova, N. / Sheppard, C. / Lucas-Staat, S. / Diaz-Santin, L.M. / Matelska, D. / Prangishvili, D. / Cheung, A.C.M. / Werner, F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors. 著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner / 要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oq4.cif.gz | 601.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oq4.ent.gz | 490.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oq4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oq4_validation.pdf.gz | 857.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oq4_full_validation.pdf.gz | 897.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7oq4_validation.xml.gz | 90.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oq4_validation.cif.gz | 127.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oq4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 10種, 10分子 ABCDEHKLNP
#1: タンパク質 | 分子量: 99929.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P11512, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 126647.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P11513, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 44507.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P11514, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 29858.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P39471, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 20496.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P39466, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 9477.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P11521, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 10251.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P39463, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 10061.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P46217, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質 | 分子量: 7673.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: P39472, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5662.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: Q4JAE8, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerase, subunit ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 13070.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: Q4JB12, DNA-directed RNA polymerase |
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#7: タンパク質 | 分子量: 15292.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) 遺伝子: rpoG, Saci_0661 Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 発現宿主: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) 参照: UniProt: Q4JAY4, DNA-directed RNA polymerase |
-タンパク質 , 2種, 2分子 QZ
#13: タンパク質 | 分子量: 12331.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) Plasmid details: genetically manipulated to add an additional copy of RPO8 labelled at the C-terminus with a hexa-his tag 参照: UniProt: Q4JAJ6 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 17321.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residual sequence from the thrombin cleavage site at the C-terminus of RIP (LVPR) 由来: (組換発現) Acidianus two-tailed virus (ウイルス) プラスミド: pET21a+ 詳細 (発現宿主): protein cloned within NdeI and XhoI restriction sites with a Thrombin cleavage site at the C-terminus of the protein sequence 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3V4R7 |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#15: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#16: 化合物 | ChemComp-ZN / #17: 化合物 | ChemComp-F3S / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP タイプ: COMPLEX 詳細: The RNA polymerase was incubated with a 10-fold excess of RIP for 5 min at 338 K followed by cross-linking with BS3 Entity ID: #1-#14 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.421 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 詳細: DTT was added fresh before the incubation of the two species | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.06 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: after glow discharged, the grid was coated with graphene oxide グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blotting force: -10 blotting time: 2 sec wait time: 0 sec |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: sample holder was tilted of -30 degrees for the entire data collection |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2130 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 45 / 利用したフレーム数/画像: 1-45 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The movie-stacks were aligned and summed using MotionCor2 within Relion 3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 600640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151237 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 81.4405 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient 詳細: The C-terminal tail of RIP was manually built in Coot after the first refinement run. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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