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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ocs | ||||||
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タイトル | Mannitol-1-phosphate bound to the phosphatase domain of the bifunctional mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD-D16A from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | HAD hydrolase, family IA, variant 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mannitol (マンニトール) / Dehydrogenase (脱水素酵素) / Phosphatase (ホスファターゼ) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Fructose-6-phosphate (フルクトース-6-リン酸) / HAD hydrolase family IA variant 3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tam, H.K. / Mueller, V. / Pos, K.M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Unidirectional mannitol synthesis of Acinetobacter baumannii MtlD is facilitated by the helix-loop-helix-mediated dimer formation. 著者: Tam, H.K. / Konig, P. / Himpich, S. / Ngu, N.D. / Abele, R. / Muller, V. / Pos, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ocs.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ocs.ent.gz | 873.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ocs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7ocs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7ocs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 83504.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: HMPREF0010_00722 / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7J2 |
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-非ポリマー , 13種, 622分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 化合物 | ChemComp-MG / | #9: 化合物 | ChemComp-CL / #10: 化合物 | ChemComp-44H / #11: 化合物 | ChemComp-EPE / | #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-ACT / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: .1M BIS-Tris propane pH6.5, 0.15M Na2SO4, 14% PEG3350, 0.02M MgCl2, 0.1M Potassium acetate with microseeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9788 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→48.61 Å / Num. obs: 149396 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41.03 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 1060197 / Scaling rejects: 661 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7OCN 解像度: 2.3→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
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原子変位パラメータ | Biso max: 135.44 Å2 / Biso mean: 53.47 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→48.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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