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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n96 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of D103A human Galectin-7 mutant | |||||||||||||||||||||
要素 | Galectin-7 | |||||||||||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / human galectin-7 / dimer interface mutant | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of D103A human Galectin-7 mutant 著者: Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n96.cif.gz | 113 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n96.ent.gz | 87.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n96 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bkzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14921.840 Da / 分子数: 2 / 変異: D103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS7, PIG1, LGALS7B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47929 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000 ,15% Glycerol Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月19日 / 詳細: 16 tiled fiber-optic tapers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.38→47.77 Å / Num. obs: 10282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 13.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1bkz 解像度: 2.38→47.77 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.97 Å2 / Biso mean: 52.5643 Å2 / Biso min: 23.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.38→47.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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