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- PDB-7ed6: Crystal structure of Thermus thermophilus FakA ATP-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ed6
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus FakA ATP-binding domain
要素Probable kinase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Fatty acid kinase / ATP-binding protein / Lipid metabolism (脂質代謝) / phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerone kinase activity / glycerol metabolic process / リン酸化
類似検索 - 分子機能
DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Probable kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92850331296 Å
データ登録者Nakatani, M. / Nakahara, S. / Fukui, K. / Murakawa, T. / Masui, R.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a nucleotide-binding domain of fatty acid kinase FakA from Thermus thermophilus HB8.
著者: Nakatani, M. / Nakahara, S.Y. / Fukui, K. / Urano, M. / Fujii, Y. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Okanishi, H. / Kanai, Y. / Yano, T. / Masui, R.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable kinase
B: Probable kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0048
ポリマ－48,0522
非ポリマー9526
水2,702150
1
A: Probable kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5024
ポリマ－24,0261
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
2
B: Probable kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5024
ポリマ－24,0261
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.190, 90.190, 111.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

21B-308-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A3 - 44
121(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A46 - 62
131(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A65 - 114
141(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A116 - 119
151(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A122 - 124
161(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A126 - 158
171(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A161 - 167
181(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A169 - 173
191(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A175 - 191
1101(chain A and ((resid 3 and (name O or name...A194 - 198
2111(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B3 - 44
2121(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B46 - 62
2131(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B65 - 114
2141(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B116 - 119
2151(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B122 - 124
2161(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B126 - 158
2171(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B161 - 167
2181(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B169 - 173
2191(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B175 - 191
2201(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B194 - 198

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要素

#1: タンパク質 Probable kinase / FakA


分子量: 24026.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
遺伝子: TTHA0214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLS9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M sodium chloride, 0.1M tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.928→45.095 Å / Num. obs: 35300 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 31.9281053418 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.928→2 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3455 / CC1/2: 0.671 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155モデル構築
Cootv0.7.2モデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92850331296→45.095 Å / SU ML: 0.235269670355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35596896543 / 位相誤差: 26.3801595096
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236411716719 1761 4.99971608654 %
Rwork0.208022978316 33461 -
obs0.20945075519 35222 99.6407253388 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.5712042685 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92850331296→45.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 58 150 3136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003391946839453037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7525195763874130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0398264447893469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381801148787536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.71310772781799
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92851-1.98060.3296491281261300.339040526032483X-RAY DIFFRACTION98.7901701323
1.9806-2.03890.3475917835831340.3048091743192529X-RAY DIFFRACTION99.514200299
2.0389-2.10470.2777638136321330.2580712771692538X-RAY DIFFRACTION99.7386109037
2.1047-2.180.2632494173881320.2453519211012537X-RAY DIFFRACTION99.6639283047
2.18-2.26720.3000588335761340.2432217887962538X-RAY DIFFRACTION99.6271439224
2.2672-2.37040.2489267946761340.2253840196862545X-RAY DIFFRACTION99.6281145407
2.3704-2.49540.276117928621340.2157364198892541X-RAY DIFFRACTION99.8134328358
2.4954-2.65170.2561176539221360.2112202767862573X-RAY DIFFRACTION99.5955882353
2.6517-2.85640.2705837883391340.2141320318972543X-RAY DIFFRACTION99.6278377373
2.8564-3.14380.2419139380421370.2130307486852593X-RAY DIFFRACTION99.8171846435
3.1438-3.59860.2306503418421370.1954028209732614X-RAY DIFFRACTION99.8185776488
3.5986-4.53310.2043458481251390.1687659688392641X-RAY DIFFRACTION99.892202659
4.5331-45.0940.194539354941470.1919828235422786X-RAY DIFFRACTION99.7958489282
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.6003758771 Å / Origin y: 23.9573740345 Å / Origin z: 55.167669126 Å
111213212223313233
T0.274808714771 Å2-0.0505659824992 Å20.0050419522482 Å2-0.238568350436 Å20.0200006575873 Å2--0.260371036362 Å2
L1.00294147705 °20.483937943238 °20.311888787731 °2-1.21711950012 °20.868744022224 °2--2.68104729803 °2
S0.125317948428 Å °-0.123025871989 Å °-0.0879136075103 Å °0.241533379341 Å °-0.174598471846 Å °0.0566401276011 Å °0.448256097603 Å °-0.43541275648 Å °0.0443119000731 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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