[日本語] English
万見
- PDB-7e8t: Monomer of Ypt32-TRAPPII -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e8t
タイトルMonomer of Ypt32-TRAPPII
要素
  • (Trafficking protein particle complex II-specific subunit ...) x 3
  • (Trafficking protein particle complex subunit ...) x 6
  • GTP-binding protein YPT32/YPT11
  • TRAPP-associated protein TCA17
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Anchoring of the basal body to the plasma membrane / beta-glucan biosynthetic process / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport ...Anchoring of the basal body to the plasma membrane / beta-glucan biosynthetic process / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to phagophore assembly site / cellular bud neck / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / phagophore assembly site / retrograde transport, endosome to Golgi / cis-Golgi network membrane / エキソサイトーシス / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / cell wall organization / オートファジー / ゴルジ体 / recycling endosome / オートファジー / protein transport / protein-containing complex assembly / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / エンドソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 小胞体 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TRAPP II complex, Trs120 / TRAPP II complex TRAPPC10, C-terminal / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / Trafficking protein particle complex subunit TRAPPC10/Trs130 / Transport protein Trs120 or TRAPPC9, TRAPP II complex subunit / Trafficking protein particle complex subunit 10, TRAPPC10 / TRAPP trafficking subunit Trs65 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit ...TRAPP II complex, Trs120 / TRAPP II complex TRAPPC10, C-terminal / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / Trafficking protein particle complex subunit TRAPPC10/Trs130 / Transport protein Trs120 or TRAPPC9, TRAPP II complex subunit / Trafficking protein particle complex subunit 10, TRAPPC10 / TRAPP trafficking subunit Trs65 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAPP-associated protein TCA17 / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / Trafficking protein particle complex subunit BET3 / Trafficking protein particle complex subunit 20 / GTP-binding protein YPT32/YPT11 / Trafficking protein particle complex subunit 31 / Trafficking protein particle complex subunit BET5 / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 / Trafficking protein particle complex subunit 23 / Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120 / Trafficking protein particle complex subunit 33
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Mi, C.C. / Sui, S.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for assembly of TRAPPII complex and specific activation of GTPase Ypt31/32.
著者: Chenchen Mi / Li Zhang / Guoqiang Huang / Guangcan Shao / Fan Yang / Xin You / Meng-Qiu Dong / Shan Sun / Sen-Fang Sui /
要旨: Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as ...Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as the guanine nucleotide exchange factor in the trans-Golgi network to determine the maturation of Golgi cisternae into post-Golgi carriers in yeast. Here, we present cryo-EM structures of yeast TRAPPII in apo and Ypt32-bound states. All the structures show a dimeric architecture assembled by two triangle-shaped monomers, while the monomer in the apo state exhibits both open and closed conformations, and the monomer in the Ypt32-bound form only captures the closed conformation. Located in the interior of the monomer, Ypt32 binds with both core TRAPP/TRAPPI and Trs120 via its nucleotide-binding domain and binds with Trs31 via its hypervariable domain. Combined with functional analysis, the structures provide insights into the assembly of TRAPPII and the mechanism of the specific activation of Ypt31/Ypt32 by TRAPPII.
履歴
登録2021年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: GTP-binding protein YPT32/YPT11
I: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130
J: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120
K: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65
B: Trafficking protein particle complex subunit 33
G: Trafficking protein particle complex subunit 31
E: Trafficking protein particle complex subunit 23
H: Trafficking protein particle complex subunit 20
A: TRAPP-associated protein TCA17
D: Trafficking protein particle complex subunit BET5
F: Trafficking protein particle complex subunit BET3
C: Trafficking protein particle complex subunit BET3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,30112
ポリマ－551,30112
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 LA

#1: タンパク質 GTP-binding protein YPT32/YPT11 / Rab GTPase YPT32


分子量: 24548.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YPT32, YPT11, YGL210W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P51996
#9: タンパク質 TRAPP-associated protein TCA17 / 17 kDa TRAPP complex-associated protein


分子量: 17371.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TCA17, YEL048C, SYGP-ORF36 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32613

-
Trafficking protein particle complex II-specific subunit ... , 3種, 3分子 IJK

#2: タンパク質 Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 / TRAPP II-specific subunit 130 / Transport protein particle 130 kDa subunit


分子量: 128225.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS130, YMR218C, YM8261.12C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03660
#3: タンパク質 Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120 / TRAPP II-specific subunit 120 / Transport protein particle 120 kDa subunit


分子量: 147823.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS120, YDR407C, D9509.25, ESBP10 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04183
#4: タンパク質 Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65 / TRAPP II-specific subunit 65 / Beta-glucan synthesis-associated protein TRS65 / Killer toxin- ...TRAPP II-specific subunit 65 / Beta-glucan synthesis-associated protein TRS65 / Killer toxin-resistance protein 11 / Transport protein particle 65 kDa subunit


分子量: 63434.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS65, KRE11, YGR166W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32893

-
Trafficking protein particle complex subunit ... , 6種, 7分子 BGEHDFC

#5: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 33 / TRAPP subunit 33 / Transport protein particle 33 kDa subunit


分子量: 30786.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS33, YOR115C, O3251, YOR3251C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99394
#6: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 31 / TRAPP subunit 31 / Transport protein particle 31 kDa subunit


分子量: 31743.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS31, YDR472W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03337
#7: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 23 / TRAPP subunit 23 / Transport protein particle 23 kDa subunit


分子量: 24889.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS23, YDR246W, YD8419.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03784
#8: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 20 / TRAPP subunit 20 / Transport protein particle 20 kDa subunit


分子量: 19721.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS20, YBR254C, YBR1722 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38334
#10: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit BET5 / TRAPP subunit BET5 / Transport protein particle 18 kDa subunit


分子量: 18453.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BET5, YML077W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03630
#11: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit BET3 / TRAPP subunit BET3 / Transport protein particle 22 kDa subunit


分子量: 22152.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BET3, YKR068C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36149

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Monomer of Ypt32-TRAPPII. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81870 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00625234
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.34134354
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.9848450
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0714110
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0074462

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る