PDB-7d41: Crystal structure of type III polyketide synthase from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d41

タイトル

Crystal structure of type III polyketide synthase from Mycobacterium marinum - P 21 21 21 Space group

要素

Chalcone synthase-like protein
Chalcone/stilbene synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Bacterial (細菌) / TypeIII polyketide synthase / Orthrombic form

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium marinum (マイコバクテリウム・マリナム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.419 Å

データ登録者

Pratap, S. / Kant, A. / Saxena, P. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of type III polyketide synthase from Mycobacterium marinum
著者: Pratap, S. / Kant, A. / Saxena, P. / Krishnan, V.

履歴

登録	2020年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d41.cif.gz	154.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d41.ent.gz	114 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cb3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Chalcone synthase-like protein

A: Chalcone/stilbene synthase

ヘテロ分子

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.732, 99.518, 126.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 27 - 392 / Label seq-ID: 27 - 392

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chalcone synthase-like protein 分子量: 44547.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (マイコバクテリウム・マリナム) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_2190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HNE1
#2: タンパク質	Chalcone/stilbene synthase 分子量: 44633.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (マイコバクテリウム・マリナム) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_2190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HNE1
#3: 化合物	ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸 / カプリル酸分子量: 144.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 M Potassium Sodium tartrate 200 mM Sodium chloride 100 mM Imidazole; pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97735 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97735 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.419→78.264 Å / Num. obs: 19645 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 55.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.419→2.685 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 983 / CC_1/2: 0.719 / R_pim(I) all: 0.419 / R_rim(I) all: 0.752 / % possible all: 57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CB3

7cb3

解像度: 2.419→78.264 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 13.087 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.384 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2582	962	4.897 %
R_work	0.2038	18682	-
all	0.206	-	-
obs	-	19644	71.027 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.119 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.027 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.145 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.419→78.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5382	0	20	32	5434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.631	7496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.171	1.571	12082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.256	5	729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.264	21.349	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.359	15	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.654	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.281	5.466	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.281	5.467	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.722	8.201	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.721	8.201	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.736	5.832	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.735	5.833	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.465	8.623	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.464	8.623	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.332	105.328	22465
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.331	105.33	22465
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	10591

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08324	0.05008
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08324	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.419-2.481	0.314	5	0.315	71	0.315	1998	0.659	0.649	3.8038	0.324
2.481-2.549	0.278	6	0.296	156	0.296	1969	0.649	0.728	8.2275	0.291
2.549-2.623	0.298	13	0.319	304	0.318	1896	0.823	0.772	16.7194	0.317
2.623-2.704	0.349	32	0.333	562	0.334	1849	0.688	0.767	32.1255	0.323
2.704-2.792	0.361	56	0.314	883	0.316	1812	0.801	0.796	51.8212	0.296
2.792-2.89	0.367	72	0.296	1263	0.3	1725	0.808	0.813	77.3913	0.275
2.89-2.999	0.289	87	0.274	1443	0.275	1690	0.826	0.839	90.5325	0.252
2.999-3.121	0.327	66	0.243	1544	0.247	1627	0.84	0.866	98.9551	0.222
3.121-3.26	0.271	76	0.232	1485	0.234	1561	0.887	0.898	100	0.208
3.26-3.419	0.28	72	0.223	1424	0.225	1496	0.894	0.914	100	0.204
3.419-3.603	0.257	61	0.199	1357	0.201	1418	0.914	0.939	100	0.184
3.603-3.821	0.222	56	0.189	1308	0.191	1366	0.93	0.943	99.8536	0.177
3.821-4.085	0.228	52	0.172	1223	0.174	1277	0.935	0.952	99.8434	0.167
4.085-4.411	0.233	52	0.156	1135	0.159	1187	0.948	0.962	100	0.161
4.411-4.83	0.226	48	0.147	1057	0.15	1107	0.951	0.967	99.8193	0.16
4.83-5.398	0.254	44	0.181	960	0.184	1007	0.942	0.953	99.7021	0.196
5.398-6.228	0.286	43	0.241	864	0.243	907	0.921	0.928	100	0.261
6.228-7.616	0.308	51	0.208	722	0.214	773	0.9	0.943	100	0.242
7.616-10.72	0.187	47	0.167	571	0.169	618	0.967	0.971	100	0.2
10.72-78.264	0.256	23	0.259	350	0.259	374	0.934	0.939	99.7326	0.356

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関連情報:EMDBヘッダ

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