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- PDB-7csr: Structure of Ephexin4 R676L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7csr
タイトルStructure of Ephexin4 R676L
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ephexin4 / GEF / Autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / activation of GTPase activity / cell chemotaxis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / receptor tyrosine kinase binding ...CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / activation of GTPase activity / cell chemotaxis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / receptor tyrosine kinase binding / small GTPase binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / ARHGEF16/ARHGEF26, SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. ...: / : / ARHGEF16/ARHGEF26, SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 16
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, M. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Double inhibition and activation mechanisms of Ephexin family RhoGEFs.
著者: Zhang, M. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 16
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 16
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5653
ポリマ－157,5653
非ポリマー00
水0
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5221
ポリマ－52,5221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5221
ポリマ－52,5221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5221
ポリマ－52,5221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.075, 244.729, 141.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...
21(chain B and (resid 264 through 268 or (resid 269...
31(chain C and (resid 264 through 521 or (resid 522...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNSERSER(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...AA264 - 26810 - 14
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...AA26915
13GLNGLNVALVAL(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...AA264 - 70910 - 455
14GLNGLNVALVAL(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...AA264 - 70910 - 455
15GLNGLNVALVAL(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...AA264 - 70910 - 455
16GLNGLNVALVAL(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...AA264 - 70910 - 455
21GLNGLNSERSER(chain B and (resid 264 through 268 or (resid 269...BB264 - 26810 - 14
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 264 through 268 or (resid 269...BB26915
31GLNGLNPHEPHE(chain C and (resid 264 through 521 or (resid 522...CC264 - 52110 - 267
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 264 through 521 or (resid 522...CC522268

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 16 / Ephexin-4


分子量: 52521.613 Da / 分子数: 3 / 変異: R676L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arhgef16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3U5C8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 0.8 M NAH2PO4, 0.8 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 51159 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.575 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 339343
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.056.71.01525280.6540.4211.1010.423100
3.05-3.116.70.85525410.7240.3540.9260.429100
3.11-3.176.70.73425110.7760.3050.7960.437100
3.17-3.236.70.62925380.8130.2610.6820.42499.9
3.23-3.36.70.5325110.8610.2190.5740.447100
3.3-3.386.70.4325400.9080.1790.4660.452100
3.38-3.466.70.34525480.9320.1430.3740.464100
3.46-3.566.50.27125220.9570.1150.2950.48799.9
3.56-3.665.90.22925480.9580.1030.2510.51299.9
3.66-3.786.40.19525350.9740.0830.2120.563100
3.78-3.917.10.16525380.9840.0660.1780.605100
3.91-4.0770.15225790.9850.0610.1640.647100
4.07-4.2670.13725250.9870.0560.1480.697100
4.26-4.486.90.12725530.9880.0520.1370.843100
4.48-4.766.80.11525640.9910.0470.1240.873100
4.76-5.136.50.09725740.9930.0410.1060.718100
5.13-5.645.90.09225750.9920.0410.1010.539100
5.64-6.4670.09326020.9940.0380.1010.50399.9
6.46-8.136.80.07526100.9950.0310.0810.60299.9
8.13-5060.05827170.9960.0250.0630.80299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CSO

7cso


解像度: 3→36.77 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 2592 5.08 %RANDOM
Rwork0.212 48419 --
obs0.2142 51011 99.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.03 Å2 / Biso mean: 69.6351 Å2 / Biso min: 20.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→36.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10175 0 0 0 10175
残基数----1275
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3765X-RAY DIFFRACTION6.734TORSIONAL
12B3765X-RAY DIFFRACTION6.734TORSIONAL
13C3765X-RAY DIFFRACTION6.734TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.060.32831150.3262283239890
3.06-3.110.3841590.293225302689100
3.11-3.180.35851430.278725292672100
3.18-3.250.30031240.269325652689100
3.25-3.320.30551350.256825282663100
3.32-3.40.3281340.255825672701100
3.4-3.50.28731400.234725122652100
3.5-3.60.24211310.221825362667100
3.6-3.720.27041410.212125692710100
3.72-3.850.25271550.205325232678100
3.85-40.23981170.196225772694100
4-4.180.23751300.189125602690100
4.18-4.40.23261390.180525472686100
4.4-4.680.23561280.174926032731100
4.68-5.040.22091420.174825532695100
5.04-5.550.24071460.204425622708100
5.55-6.340.27081320.233426102742100
6.35-7.980.22451460.22382606275299
7.98-36.770.22551350.19382659279497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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