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- PDB-7bgp: Crystal structure of MG-132 covalently bound to the main protease... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bgp
タイトルCrystal structure of MG-132 covalently bound to the main protease (3CLpro/Mpro) of SARS-CoV-2 in absence of DTT.
要素3C-like proteinase
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Mpro / 3CLpro (3C様プロテアーゼ) / EXSCALATE4COV / drug discovery / Elettra / MG-132
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / exoribonuclease complex / viral RNA-directed RNA polymerase complex / viral replication complex formation and maintenance / endopeptidase complex / endoribonuclease complex / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / 5'-3' RNA helicase activity ...Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / exoribonuclease complex / viral RNA-directed RNA polymerase complex / viral replication complex formation and maintenance / endopeptidase complex / endoribonuclease complex / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / 5'-3' RNA helicase activity / mRNA cap methyltransferase complex / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / mRNA cap binding complex / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / positive regulation of RNA biosynthetic process / modulation by virus of host autophagy / mRNA methylation / double membrane vesicle viral factory outer membrane / suppression by virus of host translation / ISG15-specific peptidase activity / 3C様プロテアーゼ / suppression by virus of host type I interferon production / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-exoribonuclease activity / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / induction by virus of catabolism of host mRNA / cytoplasmic viral factory / protein K48-linked deubiquitination / G-quadruplex RNA binding / suppression by virus of host ISG15-protein conjugation / 7-methylguanosine mRNA capping / RNA-templated transcription / viral transcription / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / suppression by virus of host toll-like receptor signaling pathway / host cell Golgi apparatus / host cell endoplasmic reticulum / suppression by virus of host NF-kappaB cascade / modulation by virus of host protein ubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / methyltransferase cap1 / positive stranded viral RNA replication / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / positive regulation of viral genome replication / suppression by virus of host TRAF activity / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / helicase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / ヘリカーゼ / cysteine-type deubiquitinase activity / DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / integral to membrane of host cell / ヘリカーゼ / lyase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / suppression by virus of host gene expression / endonuclease activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Endoribonuclease EndoU-like / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / (+)RNA virus helicase core domain profile. / (+) RNA virus helicase core domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Lipocalin signature. / : / : / : / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / : / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus endopeptidase C30 / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ALD / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Costanzi, E. / Demitri, N. / Giabbai, B. / Storici, P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission101003551European Union
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Dual Inhibition of MG-132 against SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro/3CLpro) and Human Cathepsin-L.
著者: Costanzi, E. / Kuzikov, M. / Esposito, F. / Albani, S. / Demitri, N. / Giabbai, B. / Camasta, M. / Tramontano, E. / Rossetti, G. / Zaliani, A. / Storici, P.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,28516
ポリマ－67,6512
非ポリマー1,63414
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.853, 99.779, 103.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, 3C様プロテアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 475分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ALD / N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-1-hydroxy-4-methylpentan-2-yl]-L-leucinamide


分子量: 477.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12M Ethylene glycols (Diethylene glycol; Triethylene glycol; Tetraethylene glycol; Pentaethylene glycol) 0.1M Tris/BICINE pH 8.5, 20% v/v PEG 500 MME; 10 % w/v PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→56.11 Å / Num. obs: 80614 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 21.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / Num. unique obs: 4098 / CC1/2: 0.604

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4085精密化
PHENIX1.19_4085精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BB2

7bb2


解像度: 1.68→45.94 Å / SU ML: 0.1966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.3724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 3988 4.95 %
Rwork0.1704 76525 -
obs0.1719 80513 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 0 110 461 5258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00994924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05516673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.82431774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.70.32441570.30152718X-RAY DIFFRACTION99.93
1.7-1.720.33231400.28962694X-RAY DIFFRACTION99.93
1.72-1.740.30151620.28362702X-RAY DIFFRACTION99.97
1.74-1.770.33511310.27622695X-RAY DIFFRACTION99.89
1.77-1.790.28351320.27162716X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.28451280.24482709X-RAY DIFFRACTION99.79
1.82-1.850.28421450.23772748X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.25991500.22322656X-RAY DIFFRACTION99.93
1.88-1.910.23781550.20852696X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.23481420.19312725X-RAY DIFFRACTION99.9
1.95-1.980.24661610.19112684X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.18781380.19362722X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.070.24251480.18332714X-RAY DIFFRACTION99.97
2.07-2.120.20711560.17192737X-RAY DIFFRACTION99.97
2.12-2.170.20621480.16452686X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.230.19531390.15642695X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.290.17681380.15752757X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.370.18711610.15672723X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.450.184970.15762764X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.550.19311490.16162733X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.670.20221220.17182768X-RAY DIFFRACTION99.9
2.67-2.810.22661480.16972742X-RAY DIFFRACTION99.72
2.81-2.980.18441370.17442738X-RAY DIFFRACTION99.83
2.98-3.210.20741540.16972754X-RAY DIFFRACTION99.83
3.21-3.540.19051580.16022768X-RAY DIFFRACTION99.56
3.54-4.050.19061290.14222776X-RAY DIFFRACTION98.88
4.05-5.10.14051510.12372773X-RAY DIFFRACTION98.42
5.1-45.940.1791120.17222932X-RAY DIFFRACTION97.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.130191333410.231959640357-0.730145150020.913553237135-0.1830792416452.74409516882-0.0127615327648-0.1131592289210.04273776539640.00957173902919-0.0161820016146-0.02725256495970.03917821844310.2423085827050.02568845937520.1683297086750.02289414403880.001565182783090.1290647760920.007386600138420.16276545910918.4084203999-6.82279650223-18.6266396724
22.73532374602-0.00545855646394-0.1985073536420.793543642605-1.164976241053.77765630037-0.089571681604-0.2203946346420.130567576610.0656394943365-0.142235095358-0.199199506251-0.09214565078030.5682720422670.2361671905420.1846302108670.014673456065-0.003239834291670.3570304192330.01828724125520.25467367563533.2378265497-5.49980122669-24.9659495232
33.4516726309-1.369656393283.093897594871.92997943732-2.038973340745.3470363012-0.124490844141-0.111034558723-0.1720884064950.03095497842460.0141155993185-0.0842045746610.1625165061960.1589923783590.008877656197060.190604155660.04888470226660.0249281343820.1255657751970.01693160035690.21217557444216.1776733231-15.8623238402-21.4652701796
43.044934707790.1118909726480.3879950361350.4839210102470.2455480179334.05509993542-0.0224032152952-0.07717116347250.07910327726040.008942304393-0.001782769356850.0176397183367-0.0001298468114140.06623703503710.03674110687340.164075457539-0.003311964461660.001707682020020.116855969194-0.002800296722690.18317954660211.5587999767-4.63209487976-23.3614475475
53.89647747290.626378556144-0.4785922705760.2063044730650.0179582053190.690628922479-0.02351631581190.2901695649040.208169054959-0.04707615452740.06054813563120.0295341343971-0.0790775118738-0.0413642278011-0.04861491389270.198962774465-0.00299164944878-0.007339044725330.1748612389450.0263461396230.1791569071247.36474214037-3.06732274666-33.6640730484
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 43 )AA1 - 431 - 43
22chain 'A' and (resid 44 through 91 )AA44 - 9144 - 91
33chain 'A' and (resid 92 through 110 )AA92 - 11092 - 110
44chain 'A' and (resid 111 through 166 )AA111 - 166111 - 166
55chain 'A' and (resid 167 through 213 )AA167 - 213167 - 213
66chain 'A' and (resid 214 through 301 )AA214 - 301214 - 301
77chain 'B' and (resid 1 through 22 )BJ1 - 221 - 22
88chain 'B' and (resid 23 through 180 )BJ23 - 18023 - 180
99chain 'B' and (resid 181 through 226 )BJ181 - 226181 - 226
1010chain 'B' and (resid 227 through 305 )BJ227 - 305227 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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