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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a0c | ||||||
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タイトル | X-ray structure of NikA from Escherichia coli in complex with Fe-6-Me2-BPMCN | ||||||
要素 | Nickel-binding periplasmic protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Artificial metalloenzyme / cross-linked enzyme crystal / sulfoxidation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム ...nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / heme binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cavazza, C. / Menage, S. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2020 タイトル: A Selective Sulfide Oxidation Catalyzed by Heterogeneous Artificial Metalloenzymes Iron@NikA. 著者: Lopez, S. / Marchi-Delapierre, C. / Cavazza, C. / Menage, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a0c.cif.gz | 231.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a0c.ent.gz | 183.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a0c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zlqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: nikA, b3476, JW3441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33590 |
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-非ポリマー , 7種, 823分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.7 M Ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9799 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9799 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→43.875 Å / Num. obs: 80337 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 9.6 / Net I/σ(I): 13.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 11314 / CC1/2: 0.655 / Rsym value: 1.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZLQ 解像度: 1.9→43.875 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.17 Å2 / Biso mean: 30.3509 Å2 / Biso min: 12.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→43.875 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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