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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zut | ||||||||||||
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タイトル | Cu nitrite reductase MSOX series at 170K, dose point 5 | ||||||||||||
要素 | Copper-containing nitrite reductase | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cu nitrite reductase / copper (銅) / nitrite (亜硝酸塩) / nitric oxide (一酸化窒素) / MSOX | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / ペリプラズム / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Achromobacter cycloclastes (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hough, M.A. / Anyonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Nature of the copper-nitrosyl intermediates of copper nitrite reductases during catalysis. 著者: Hough, M.A. / Conradie, J. / Strange, R.W. / Antonyuk, S.V. / Eady, R.R. / Ghosh, A. / Hasnain, S.S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zut.cif.gz | 178.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zut.ent.gz | 138.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zut | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36621.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 遺伝子: nirK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P25006, 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) |
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-非ポリマー , 5種, 590分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MLI / | #5: 化合物 | ChemComp-NO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100MM REMARK 280 SODIUM ACETATE, PH 4.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→42.68 Å / Num. obs: 101537 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 8.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 11000 / Rpim(I) all: 0.325 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2bw4 解像度: 1.15→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.71 Å2 / Biso mean: 14.081 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.15→42.68 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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