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- PDB-6zis: Crystal structure of a CGRP receptor ectodomain heterodimer with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zis
タイトルCrystal structure of a CGRP receptor ectodomain heterodimer with bound high affinity inhibitor
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / CGRP (カルシトニン遺伝子関連ペプチド) / CLR / RAMP1 / ECD / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / coreceptor activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / G protein-coupled receptor activity / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / calcium ion transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / heart development / G alpha (s) signalling events / 血管新生 / リソソーム / ペリプラズム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / エンドソーム / G protein-coupled receptor signaling pathway / DNA damage response / 細胞膜 / 小胞体 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-3N6 / Maltodextrin-binding protein / Receptor activity-modifying protein 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Southall, S.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Drug Discovery ofN-((R)-3-(7-Methyl-1H-indazol-5-yl)-1-oxo-1-(((S)-1-oxo-3-(piperidin-4-yl)-1-(4-(pyridin-4-yl)piperazin-1-yl)propan-2-yl)amino)propan-2-yl)-2'-oxo-1',2'- ...タイトル: Structure-Based Drug Discovery ofN-((R)-3-(7-Methyl-1H-indazol-5-yl)-1-oxo-1-(((S)-1-oxo-3-(piperidin-4-yl)-1-(4-(pyridin-4-yl)piperazin-1-yl)propan-2-yl)amino)propan-2-yl)-2'-oxo-1',2'-dihydrospiro[piperidine-4,4'-pyrido[2,3-d][1,3]oxazine]-1-carboxamide (HTL22562): A Calcitonin Gene-Related Peptide Receptor Antagonist for Acute Treatment of Migraine.
著者: Bucknell, S.J. / Ator, M.A. / Brown, A.J.H. / Brown, J. / Cansfield, A.D. / Cansfield, J.E. / Christopher, J.A. / Congreve, M. / Cseke, G. / Deflorian, F. / Jones, C.R. / Mason, J.S. / ...著者: Bucknell, S.J. / Ator, M.A. / Brown, A.J.H. / Brown, J. / Cansfield, A.D. / Cansfield, J.E. / Christopher, J.A. / Congreve, M. / Cseke, G. / Deflorian, F. / Jones, C.R. / Mason, J.S. / O'Brien, M.A. / Ott, G.R. / Pickworth, M. / Southall, S.M.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月5日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.02021年8月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 4.02021年8月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
改定 4.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1556
ポリマ－66,3611
非ポリマー1,7955
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area24530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.140, 76.980, 98.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Calcitonin-receptor-like ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1 / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor


分子量: 66360.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, RAMP1, CALCRL, CGRPR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 GNTI
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O60894, UniProt: Q16602, UniProt: A0A4P1LXE0*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-3N6 / N-{(1S)-5-amino-1-[(4-pyridin-4-ylpiperazin-1-yl)carbonyl]pentyl}-3,5-dibromo-Nalpha-{[4-(2-oxo-1,4-dihydroquinazolin-3 (2H)-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}-D-tyrosinamide / Olcegepant / BIBN-4096BS / Olcegepant


分子量: 869.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H47Br2N9O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 0.1 M ammonium acetate, 15 % PEG 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 88 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→76.98 Å / Num. obs: 57024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 27.75 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 7.8 % / Num. unique obs: 4154 / CC1/2: 0.427 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RWG

4rwg


解像度: 1.73→57.62 Å / SU ML: 0.2573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.1794
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 2718 4.77 %
Rwork0.1991 54227 -
obs0.2013 56945 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→57.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4496 0 116 282 4894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89536448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.13111774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.760.33731470.32282778X-RAY DIFFRACTION99.97
1.76-1.80.40051360.32042834X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.830.36461600.30372808X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.870.4091320.29342857X-RAY DIFFRACTION99.9
1.87-1.920.29241280.28092797X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.960.3231490.25452824X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.020.30321450.23172819X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.23421310.21622834X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.2551060.2112898X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.25791370.20682832X-RAY DIFFRACTION99.97
2.22-2.310.25271420.20472834X-RAY DIFFRACTION99.93
2.31-2.410.27321460.20542831X-RAY DIFFRACTION99.77
2.41-2.540.25751500.19972844X-RAY DIFFRACTION99.97
2.54-2.70.25381470.2022863X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.910.24891620.20432839X-RAY DIFFRACTION99.97
2.91-3.20.24571520.20032889X-RAY DIFFRACTION99.9
3.2-3.660.22291630.18562864X-RAY DIFFRACTION99.8
3.66-4.620.20131410.16012919X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.4819168082 Å / Origin y: -2.19583359294 Å / Origin z: -12.795661097 Å
111213212223313233
T0.18301493855 Å2-0.0160190254474 Å20.00137062731398 Å2-0.215017925382 Å2-0.016409029962 Å2--0.205969613087 Å2
L0.126722532695 °2-0.274441955296 °2-0.321223429663 °2-0.742632939718 °20.531304998043 °2--0.63164647091 °2
S0.0200564150865 Å °0.0424016124781 Å °0.038819066282 Å °0.0590261531465 Å °-0.0693706567064 Å °-0.00430875928062 Å °0.0321143383633 Å °-0.0684262669151 Å °-0.00509429633755 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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